【2026年版】一人社長の年末調整、12月にやることと1月にやること｜時期別の段取り表

「年末調整は12月に終わらせるものだと思っていたら、1月にもやることがあった」
「源泉所得税の納付と法定調書、どちらを先にやればいいのか分からない」
「一人社長だと全部自分でやるので、毎年どこかで抜けが出る」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

年末調整の中身そのもの（なぜ一人社長にも必要か、どんな書類を使うか）は一人社長の年末調整のやり方で解説しました。この記事は「いつ、何を、どの順番でやるか」という時期別の段取りに絞ります。年末調整は12月で終わりではなく、1月の納付と提出物までがひと続きの作業です。

この記事で扱うのは次の4点です。

• 12月にやること（計算の前提をそろえる・精算する）
• 1月前半にやること（源泉所得税の納付）
• 1月後半にやること（給与支払報告書・償却資産申告、該当すれば法定調書）
• 時期別の段取り表と、抜けを防ぐコツ

12月にやること：計算の前提をそろえて精算する

12月の作業は、その年の役員報酬と源泉徴収の結果を確定させ、1年分の税額に精算することです。一人社長は「会社」と「社長個人」の両方の立場で作業するので、順番を決めておくと迷いません。

• 12月分の役員報酬を確定させる：1年分の支給額が固まってからでないと精算できません
• 申告書類を自分で書いて会社に出す：扶養控除等申告書、基礎控除などの申告書、保険料控除申告書を社長個人として作ります
• 控除証明書をそろえる：秋に届いた生命保険料や地震保険料の控除証明書をまとめます
• 年税額を計算して過不足を精算する：会計ソフトや給与ソフトの年末調整機能を使うと、様式に沿って進められます
• 源泉徴収票を作る：1月の提出物のもとになるので、ここで作っておきます

精算の結果、源泉徴収しすぎていた場合は社長に返し、足りなかった場合は追加で徴収します。精算を12月の支給で行うか、1月の支給で行うかは会社の運用で決めてかまいませんが、毎年同じやり方にしておくと帳簿が追いやすくなります。

あわせて、翌年分の扶養控除等申告書もこの時期に作っておくと、年明けの役員報酬の源泉徴収を正しく始められます。忘れやすい書類なので、年末調整の書類と同じクリアファイルに翌年分の用紙を最初から入れておくと抜けを防げます。

1月前半にやること：源泉所得税の納付

年が明けたら、まず源泉所得税の納付です。役員報酬から預かった源泉所得税は、会社が税務署に納めます。

一人社長の会社では、源泉所得税の納期の特例を受けていることが多いと思います。特例を受けていれば、毎月ではなく半年分をまとめて納めることができ、年末をはさむ期間の分は1月20日が期限です。年末調整の精算で源泉所得税が戻る側になった場合は、この納付額から差し引いて調整するのが一般的な流れです。特例を受けていない場合は毎月の納付になるので、12月分の納付と年末調整の精算の関係を確認しておきましょう。

役員報酬が低く、源泉所得税がゼロになっている場合でも、納付書（所得税徴収高計算書）の扱いには注意が必要です。税額がゼロでも計算書を提出する運用が案内されているので、手元の案内や国税庁の説明で確認してください。納付書が紙で届かなくなっている点は国税の納付書も届かなくなった（e-Taxと事前送付）で整理しています。

1月後半にやること：提出物は1月末まで（令和8年分は2月1日）

1月の後半は提出物が集中します。期限は原則1月31日で、土日祝日の場合は翌平日です。令和8年分は1月31日が日曜日のため、令和9年2月1日（月）が期限です。

• 給与支払報告書：社長個人の住所地の市区町村に出します。翌年度の住民税の計算に使われる大切な書類です。令和9年1月からは、これを出せば給与所得の源泉徴収票は税務署に出したものとみなされます（源泉徴収票のみなし提出の特例）
• 償却資産申告：事業用の機械や備品などを持っている場合に、会社の所在地の市区町村へ出します。対象になるかどうかは自治体の案内で確認してください
• 法定調書と法定調書合計表（該当する場合）：税理士への報酬（同じ相手に年5万円超）や社長個人への家賃（年15万円超）などを払っていれば、その支払調書に合計表を添えて税務署に出します。役員報酬だけの会社は、税務署に出す源泉徴収票がみなし提出でなくなるため、合計表も出さないことがあります

何をどこへ出すかの判断表は令和8年分の法定調書（第1回）全体像、みなし提出のしくみは第2回 源泉徴収票の提出範囲とみなし提出、合計表を出す場合の書き方は第7回 法定調書合計表の書き方で解説しています。

提出先が違うのが、一人社長がつまずきやすいところです。給与支払報告書と償却資産申告は市区町村、支払調書と合計表がある場合は税務署で、しかも給与支払報告書は社長の住所地、償却資産申告は会社の所在地と、同じ市区町村とはかぎりません。電子で出す場合も、税務署向けはe-Tax、市区町村向けは地方税の電子申告の窓口を使うのが一般的で、入口が分かれています。また、12月に作った源泉徴収票は社長個人にも交付しておきます（交付の期限も原則1月31日で、令和8年分は2月1日）。一人社長なら自分で自分に渡すだけですが、控えを個人の確定申告の書類と一緒に保管しておくと後で探さずに済みます。

償却資産申告は、会社の固定資産の一覧が手元にあると格段に楽になります。資産の管理のしかたは固定資産台帳の作り方を参考にしてください。

時期別の段取り表

ここまでの流れを一枚の表にまとめます。日付が決まっているのは年明けの2つだけなので、12月の作業はそこから逆算して組み立てます。

時期	やること	ポイント
12月前半	控除証明書の整理、申告書類の作成	秋に届いた証明書を一か所にまとめる
12月の役員報酬の確定後	年税額の計算と過不足の精算、源泉徴収票の作成	精算を12月の支給でするか1月の支給でするかを毎年そろえる
12月末まで	翌年分の扶養控除等申告書の作成	年明けの源泉徴収の前提になる
1月20日まで	源泉所得税の納付（納期の特例の場合）	精算で戻る分はこの納付額から調整する
1月31日まで（令和8年分は2月1日）	給与支払報告書・償却資産申告の提出、源泉徴収票の本人への交付。支払調書があれば法定調書と合計表も提出	土日祝の場合は翌平日。提出先がそれぞれ違う。役員報酬だけなら合計表は要らないことがある

設立後1年間の手続きをまとめて見たい場合はマイクロ法人設立後の年間スケジュール完全カレンダーもあわせてどうぞ。

抜けを防ぐコツと、二刀流の人の注意点

一人社長の年末年始の作業は、年に一度しかやらないうえに、会社と個人の両方の立場が入り混じります。抜けを防ぐために、次の3つを決めておくと安心です。

• カレンダーに1月20日と1月末の期限を毎年の予定として入れる（令和8年分は2月1日）
• 12月に作ったものを一つのフォルダにまとめる：申告書類、源泉徴収票、精算の計算結果
• 提出先を一覧にしておく：住所地の市区町村、会社の所在地の市区町村、支払調書があれば税務署

個人事業もしている二刀流の人は、ここで作った源泉徴収票を、自分の確定申告で使います。年末調整で終わりではなく、役員報酬の結果を個人の確定申告に持ち込んでまとめる二段構えです。両者の関係は年末調整と確定申告の完全ガイドで整理しています。

よくある質問（FAQ）

Q. 年末調整は12月中に終わらせないといけませんか？

A. 12月の役員報酬を確定させてから計算するのが基本で、精算は12月の支給で行う方法も1月の支給で行う方法もあります。いずれにしても、1月20日の納付（納期の特例の場合）と1月末の提出物（令和8年分は2月1日）に間に合うように進める必要があります。

Q. 源泉所得税がゼロの一人社長でも、1月に何かする必要がありますか？

A. あります。税額がゼロでも計算書の提出が案内されているほか、役員報酬を払っていれば給与支払報告書の提出と源泉徴収票の本人への交付が必要です。法定調書合計表は、令和8年分からはみなし提出により、税務署に出す支払調書がなければ要りません。期限は原則1月31日で、令和8年分は令和9年2月1日（月）です。

Q. 給与支払報告書はどこに出せばいいですか？

A. 役員報酬を受け取った人（一人社長なら社長自身）の住所地の市区町村に出します。会社の所在地ではない点に注意してください。提出方法は市区町村の案内で確認できます。

Q. 償却資産申告は、パソコンを1台持っているだけでも必要ですか？

A. 事業用の資産を持っていれば申告の対象になりうるので、まずは会社の所在地の市区町村の案内を確認してください。対象になる資産の範囲や申告の要否は自治体ごとに案内されています。

Q. 年末調整で戻る税金は、どうやって社長に返せばいいですか？

A. 精算を行う月の役員報酬の支給にあわせて社長に返し、その分を会社が納める源泉所得税から差し引いて調整するのが一般的な流れです。会計ソフトの年末調整機能を使えば、計算と記帳の手順が案内されます。

まとめ

一人社長の年末調整を時期別に整理します。

• 12月は、役員報酬を確定させて申告書類をそろえ、年税額を精算して源泉徴収票を作る
• 翌年分の扶養控除等申告書も12月のうちに作っておく
• 1月は、納期の特例なら1月20日までに源泉所得税を納め、精算で戻る分はここで調整する
• 給与支払報告書・償却資産申告は原則1月31日まで（土日祝の場合は翌平日。令和8年分は令和9年2月1日）。提出先はそれぞれ違う
• 法定調書合計表は、税理士への報酬や社長への家賃などの支払調書を出す場合だけ。役員報酬だけなら要らないことがある
• 二刀流は、ここで作った源泉徴収票を個人の確定申告に持ち込んでまとめる

年末調整は、12月の計算と1月の納付・提出がひと続きになって初めて完了します。日付の決まっている年明けの2つの期限から逆算して、12月の作業を組み立ててみてください。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。