【2026年版】一人社長・マイクロ法人の会社の畳み方｜解散から清算結了までの順番と費用・税金の申告

この記事の結論は次の3つです。

• 会社の畳み方は「解散の決議と登記」→「債権者への公告（2か月以上）」→「財産の整理」→「清算結了の登記」の順で、最短でも2〜3か月はかかる
• 登記の登録免許税は、解散と清算人の登記で合計3万9千円、清算結了の登記で2千円（法務局の申請書記載例で確認）
• 税金の申告は1回では終わらない。解散の日までの申告と、清算中の申告、残余財産が確定したときの申告があり、それぞれ期限が違う

「事業を個人に戻すことにしたので、使わなくなった会社をきちんと閉じたい」
「解散と清算結了の違いがあいまいで、何から手をつければいいのか分からない」
「会社を閉じる年は確定申告を何回出すのか、期限はいつなのか知っておきたい」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

会社をやめる方法には、休眠・解散・廃業などいくつかの選び方があります。どれを選ぶかの比較はマイクロ法人のやめ方｜休眠・解散・廃業の違いと費用、出口戦略にまとめています。この記事は、完全に会社を閉じると決めたあと、解散から清算結了までをどの順番で進め、その間にどんな税務申告があるかに絞って解説します。

会社を畳む流れと期限の早見表

株式会社と合同会社で細かな書類は違いますが、大きな流れは共通です。まずは全体の順番を表で確認しましょう。

順番	やること	期限・期間の目安
1	解散の決議と清算人の選任	株式会社は株主総会の決議、合同会社は総社員の同意
2	解散と清算人の登記	解散の日から2週間以内
3	税務署・自治体・年金事務所への届出	解散後すみやかに
4	官報公告と、知れている債権者への個別の催告	申し出の期間は2か月以上
5	解散事業年度の確定申告	解散の日の翌日から2か月以内
6	財産の現金化・債務の返済・残余財産の確定	公告の期間が終わってから
7	残余財産が確定した事業年度の確定申告	確定の日の翌日から1か月以内（その前に最後の分配をするなら分配の日の前日まで）
8	残余財産の分配と決算報告の承認	清算事務が終わったら
9	清算結了の登記と最後の届出	決算報告などの承認の日から2週間以内

債権者への公告に2か月以上の期間が必要なため、どれだけ急いでも解散から清算結了まで2〜3か月はかかります。登記の期限は会社法（第926条・第929条）、公告の期間は会社法（株式会社は第499条、合同会社は第660条）、申告の期限は法人税法（第74条）で定められています。

解散を決める前に片づけておくこと

解散の決議をしてから慌てないように、先に次の点を整理しておくと手続きが一気に進めやすくなります。

• 取引先と契約：継続中の契約、未回収の売掛金、前受金の返金の有無
• 借入金と未払金：返済の見込みが立つかどうか。返しきれない場合は通常の清算ではなく、特別清算や破産の検討になるため弁護士に相談する
• 役員報酬と役員退職金：最後の月まで報酬を払うか、退職金を出すか（役員退職金の適正額の決め方を参照）
• 会社の財産：預金、パソコンや車など会社名義の資産、保険や共済の解約
• 二刀流の個人事業：会社の取引を個人事業に引き継ぐなら、契約の名義変更や請求先の切り替え

よくあるのが、会社の銀行口座を早めに解約してしまい、最後の税金や登記費用を払う口座がなくなるケースです。法人口座は、清算確定申告の納税と残余財産の分配が終わるまで残しておきましょう。また、解散したあとも清算が終わるまでは会社が残るため、法人住民税の均等割がかかる場合があります。均等割の考え方はマイクロ法人は赤字でも均等割7万円？を参考にしてください。

解散の日をいつにするかも、先に考えておきたい点です。事業年度の途中で解散すると、その年度は解散の日で区切られ、期首から解散の日までの短い期間で決算と申告をすることになります。解散の日を本来の決算日にそろえると、解散事業年度の決算がいつもの決算と同じ期間になり、決算の手間を1回分減らせます。取引の終わる時期と合わせて、無理のない日を選びましょう。

手続きを自分でやるか、専門家に頼むかも決めておきます。登記は法務局の記載例を見ながら自分で申請することもできますが、書類の不備で出し直しになると日程がずれます。解散と清算の申告は、通常の決算とは書き方が違う部分があるため、税理士に頼む会社が多い部分です。登記は司法書士、申告は税理士と分けて頼む方法もあります。

解散と清算人の登記：費用は3万9千円

一人社長の会社なら、株主総会（合同会社は総社員の同意）で解散を決め、多くの場合は社長自身が清算人になります。解散の日から2週間以内に、本店所在地の法務局で解散と清算人の登記を申請します。

法務局の申請書の記載例で確認した登録免許税は次のとおりです。

登記の種類	株式会社	合同会社
解散の登記	3万円	解散と清算人の登記で合計3万9千円
清算人（代表清算人）の登記	9千円
清算結了の登記	2千円	2千円

※2026年10月時点で法務局の「商業・法人登記の申請書様式」の記載例により確認。収入印紙などで納めます。

登記を自分で申請すれば、費用はこの登録免許税と官報公告の掲載料、書類の取得費用が中心です。官報公告の掲載料は文字数や枠数で変わるため、申し込み先の官報販売所で確認してください。司法書士に頼む場合は、その報酬が上乗せされます。

債権者への公告と、清算中にやること

解散したあとは、清算人が会社の財産を整理していきます。最初にやるのが、債権者に向けた公告です。会社法では、解散後に遅滞なく、債権を申し出るよう官報に公告し、知れている債権者には個別に催告することが求められています。申し出の期間は2か月を下ることができないとされています。

この期間中は、原則として債務の弁済ができません。その間に、次のような作業を進めます。

• 売掛金を回収し、在庫や備品などの財産を現金に換える
• 税務署・都道府県・市区町村に、解散したことを異動届出書などで届け出る
• 給与の支払いがなくなるなら、税務署に給与支払事務所等の廃止の届出（廃止の日から1か月以内）を出す
• 役員報酬の支払いをやめるなら、年金事務所で社会保険の手続き（適用事業所でなくなる届出など）を確認する

公告の期間が終わったら、申し出のあった債権者と知れている債権者に返済し、残った財産（残余財産）の額を確定させます。社会保険の切り替えは、会社をやめる前後で国民健康保険・国民年金への手続きが必要になることがあるので、個人側の手続きも並行して確認しておきましょう。

税金の申告は「解散」と「清算」で分かれる

会社を畳む年に混乱しやすいのが、法人税の申告です。法人税法では、事業年度の途中で解散すると、その事業年度は解散の日で終わるとされています。そのため、申告は次のように分かれます。

• 解散事業年度の申告：事業年度の開始日から解散の日までの分。解散の日の翌日から2か月以内に申告する
• 清算中の事業年度の申告：清算が長引いて1年を超えると、途中の年度でも申告が必要になる。区切り方は株式会社と合同会社で違うので税理士に確認する
• 残余財産が確定した事業年度の申告：残余財産の確定の日の翌日から1か月以内。その期間内に最後の分配をする場合は、分配の日の前日までに申告する

法人住民税・法人事業税や消費税の申告も、同じ区切りで必要になります。消費税の課税事業者になっている会社は、消費税の申告も忘れないようにしましょう。

残余財産を株主（多くの場合は社長自身）に分配するときは、受け取った額のうち出資した額を超える部分が、株主側で配当とみなされて課税されることがあります（みなし配当）。利益を積み上げてきた会社ほど影響が大きいため、清算の前に役員退職金や配当で個人に戻すかどうかを含めて、税理士と試算しておくと安心です。出口の選び方はマイクロ法人に貯めた運用資産はどう個人に戻す？で比較しています。最後の決算と申告を税理士に頼む場合の費用感はマイクロ法人の決算・申告を税理士に頼むといくら？が参考になります。

清算結了の登記と最後の届出

残余財産の分配まで終わったら、清算人が決算報告を作ります。株式会社は株主総会で決算報告の承認を受け、合同会社は清算に係る計算について社員の承認を受けます。その承認の日から2週間以内に、清算結了の登記を申請します（登録免許税は2千円）。

清算結了の登記が済むと、会社は法律上なくなり、同じ会社を復活させることはできません。登記のあとは、税務署や都道府県・市区町村に清算結了を届け出て、法人口座を解約して手続きは完了です。帳簿や重要な書類は、清算結了のあとも一定期間の保存が必要なので、保存する人と場所を決めておきましょう。会社がなくなったあとに過去の取引について問い合わせを受けることもあるため、データでも残しておくと安心です。

なお、清算結了の前であれば、会社を継続する手続きで事業を再開できる余地があります。「やめるかどうか、まだ迷っている」段階なら、いきなり解散に進まず、まずはマイクロ法人で売上ゼロでも問題ない？休眠状態の税務と運用ルールを読んで、休ませる選択肢と比べてみてください。

よくある質問（FAQ）

Q. 解散の登記をすれば、会社はそれで終わりですか？

A. 終わりではありません。解散の登記は「清算の手続きに入った」ことを示すもので、会社はまだ残っています。債権者への公告、財産の整理、残余財産の分配を経て、清算結了の登記をしたときに会社は法律上なくなります。それまでは清算中の会社として申告などが続きます。

Q. 解散から清算結了まで、最短でどのくらいかかりますか？

A. 債権者に申し出を求める期間が会社法で2か月以上と決まっているため、最短でも2〜3か月はかかると見ておくのが現実的です。売掛金の回収や資産の売却に時間がかかる場合や、清算が1年を超える場合は、その分だけ長くなり、途中の年度の申告も必要になります。

Q. 登記や公告にかかる費用はいくらですか？

A. 法務局の申請書の記載例では、登録免許税は解散と清算人の登記で合計3万9千円、清算結了の登記で2千円です。これに官報公告の掲載料がかかります。掲載料は文字数などで変わるので、申し込み先の官報販売所で確認してください。司法書士や税理士に頼む場合は、その報酬が別にかかります。

Q. 会社を畳む年は、法人税の申告を何回するのですか？

A. 少なくとも、解散の日までの事業年度の申告（解散の日の翌日から2か月以内）と、残余財産が確定した事業年度の申告（確定の日の翌日から1か月以内）の2回です。清算が長引けば、その間の事業年度の申告も加わります。法人住民税・事業税や消費税も同じ区切りで申告が必要になります。

Q. 借入金が残っていても、普通の手順で会社を畳めますか？

A. 財産で借入金などの債務を全部返せる見込みがあれば、この記事の手順で進められます。返しきれない場合は、通常の清算ではなく特別清算や破産の手続きを検討することになり、手順も費用も変わります。債務が残りそうなときは、解散の決議をする前に弁護士へ相談してください。

まとめ

会社の畳み方は、順番と期限さえ押さえておけば、一人社長でも見通しを立てて進められます。

• 流れは、解散の決議と登記→債権者への公告→財産の整理→残余財産の分配→清算結了の登記の順
• 解散の登記は解散の日から2週間以内。登録免許税は解散と清算人の登記で合計3万9千円、清算結了の登記で2千円
• 債権者への公告の期間は2か月以上なので、全体で最短でも2〜3か月はかかる
• 法人税の申告は、解散の日の翌日から2か月以内と、残余財産の確定の日の翌日から1か月以内の少なくとも2回
• 法人口座は最後の納税と分配が終わるまで残し、みなし配当や退職金は清算の前に税理士と試算する

まだやめるかどうか迷っている段階なら、休眠などの選択肢と比べてから決めても遅くありません。完全に閉じると決めたら、まずは表の順番どおりに日程を書き出してみてください。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の案内や税理士などの専門家にご確認ください。