【2026年版】勤怠管理システムの比較｜一人社長に必要か、人を雇ったら何が変わるか

この記事の結論は次の3つです。

• 役員ひとりだけの会社に、勤怠管理システムは基本的に要らない。役員は労働者にあたらず、役員報酬も毎月同額だから
• 家族やアルバイトを「従業員として」雇った時点で、労働日数・労働時間数を記録する仕事が生まれる
• 選ぶ軸は「働き方の種類の多さ」と「給与計算へのつながり」。1〜2名で勤務時間が固定なら表計算ソフトでも回る

「一人社長でも勤怠管理システムを入れたほうがいいの？」
「役員報酬しか払っていないのに、タイムカードが要るとは思えない」
「家族やアルバイトを雇うことになったら、何から用意すればいい？」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

勤怠管理システムは、比較の前に「そもそも入れるべきか」を決めたい種類のサービスです。まずは自分の会社がどこに当てはまるかを、下の表で確かめてください。

会社の状態	勤怠の記録	システムの要否	今やること
役員が自分ひとりだけ	法令上の出勤簿は原則不要	不要	役員報酬を毎月同額で払い、帳簿を整える
家族を役員として迎えた	役員なので原則不要	不要	役員報酬の決め方と社会保険を確認する
家族を従業員として1〜2名雇う（勤務時間が固定）	必要（労働日数・労働時間数）	なくても回る	表計算ソフトの出勤簿と給与ソフトを用意する
アルバイト・パートを含め数名（シフト制・残業あり）	必要	入れる価値が出る	給与計算とのつながりを起点にサービスを選ぶ

役員ひとりの会社に、勤怠管理システムは基本的に要らない

① 役員は「労働者」ではないところから考える

労働時間の管理という仕事は、労働基準法や労働安全衛生法が労働者を雇っている会社に求めているものです。会社と委任関係にある取締役は、原則としてその労働者にはあたりません。役員ひとりだけの会社には、労働時間を集計して示す相手がいません。

もうひとつ理由があります。役員報酬は、期首から3か月以内に決めた金額を毎月同額で支払う「定期同額給与」の形が基本です。働いた時間が長くても短くても支給額が動かないため、打刻した数字を給与計算へ流し込む必要が生まれません。役員報酬の支払い方そのものについては役員報酬は自分の口座に振り込むだけでいい？で整理しています。

② それでも記録を残したほうがよい場面はある

不要なのは「システム」であって、「記録」ではありません。補助金の申請や税務調査での実態説明など、いつ何をしていたかを示す場面は小さな会社にもあります。この用途ならカレンダーや表計算ソフトの作業ログで足ります。法人と個人事業の二刀流なら、どの日にどちらの仕事をしていたかが分かる程度のメモがあるだけでも、事業の実態を説明しやすくなります。

③ 例外：家族従業員・使用人兼務役員がいる場合

配偶者や親族を従業員として雇っている場合、その人は労働者です。また部長や工場長のように従業員の職務を兼ねる使用人兼務役員も、従業員部分について労働時間の管理が関わります。この線引きは税務上の取り扱いにも影響するため、迷う場合は専門家へ確認することをおすすめします。家族を従業員にするときの全体像は妻を従業員にするマイクロ法人、雇用全般の負担はマイクロ法人で従業員を雇うとどうなる？で扱っています。

勤怠管理システム選びの3つの判断軸

① 管理する相手が何人で、働き方がどれだけ揺れるか

始業・終業が毎日ほぼ同じ人が1〜2名なら、専用システムを入れなくても運用は回ります。反対に、シフト制・直行直帰・在宅勤務・短時間勤務が混ざり始めると、手作業の集計はすぐ行き詰まります。人数よりも「働き方の種類の多さ」で判断すると外しにくくなります。

② 集計した数字が給与計算までつながるか

勤怠管理の目的は、打刻を集めること自体ではなく給与計算に使える数字を出すことです。労働日数・労働時間数・時間外労働の時間数は、賃金台帳に記載する項目でもあります。勤怠と給与を別々に持つなら、受け渡し方を先に決めておきます。給与側の考え方は給与ソフトの使いどころで解説しています。

③ 会計ソフトとそろえるか、勤怠だけ別にするか

同じ事業者のサービスでそろえると、画面の行き来やデータの受け渡しが少なくて済みます。一方、勤怠を専門に扱うサービスは打刻手段や集計ルールの選択肢が広い傾向があります。「そろえる楽さ」と「勤怠機能の幅広さ」のどちらを取るかが分かれ道です。

主要サービスの比較（2026年10月時点）

下の表は、各社の公式サイトで2026年10月時点に確認できた範囲をもとに、どのサービスがどんな会社に向くかを整理したものです。料金や機能は改定で変わりますので、最新の内容は各社の公式サイトでご確認ください。

項目	ジョブカン勤怠管理	マネーフォワード クラウド勤怠	freee勤怠管理Plus	表計算ソフトで自前管理
位置づけ	勤怠を専門に扱うサービス	会計・給与と同じ事業者でそろえる型	会計・人事労務と同じ事業者でそろえる型	ソフトを増やさない最小構成
公式に案内されている主な機能	出勤管理・シフト管理・休暇申請管理・工数管理を組み合わせる	ICカード・スマホ・パソコンでの打刻、シフト管理、有給休暇の自動付与、給与計算ソフトへの連携	パソコン・スマホ・ICカード・生体認証での打刻、スマホからのシフト提出、残業時間の見える化	自己申告の出勤簿
料金	公式サイトで確認	法人向けのまとめたプランに勤怠が含まれる（プランごとに利用人数の枠あり）	公式サイトで確認	ほぼかからない
こんな人向き	シフトや変則勤務がある	経理をマネーフォワードでそろえたい	経理をfreeeでそろえたい	役員のみ、または家族1〜2名

主要な勤怠管理サービスの特徴

① ジョブカン勤怠管理

強み：勤怠を専門に扱うサービスで、出勤管理・シフト管理・休暇申請管理・工数管理といった機能を組み合わせる設計が公式に案内されています（2026年10月時点。工数管理は単独では使えないと案内されています）。働き方の種類が多い職場ほど選択肢の広さが効きます。

向いている人：アルバイトやパートを含め複数名を雇う予定があり、シフトを組む会社。

注意点：会計ソフトとは事業者が異なるため、給与計算までの受け渡し方法を導入前に確かめておきたいところです。料金は公式サイトで確認してください。

② マネーフォワード クラウド勤怠

強み：会計・給与・請求まわりを同じ事業者のサービスでそろえられる点が特徴です。公式サイトでは、確定した勤怠データを給与計算ソフトへ連携できること、従業員50名以下の会社向けの製品であることが案内されています（2026年10月時点）。画面をあちこち行き来せずに済むのは、事務を自分ひとりで回す社長には地味に大きな差になります。

向いている人：すでに同じ事業者の会計ソフトで記帳しており、これから人を雇う会社。

注意点：法人向けのまとめたプランには勤怠が含まれますが、プランごとに基本料金内で使える人数の枠があり、超えると追加の料金がかかる形です。人数の枠や金額は公式の料金ページで確認してください。

③ freee勤怠管理Plus

強み：会計から人事労務までを同じ事業者でそろえる方向のサービスです。公式サイトでは、在宅勤務・シフト制・フレックス制への対応や、残業時間をその場で確かめられることが案内されています（2026年10月時点）。

向いている人：すでにfreeeで記帳しており、勤怠と給与も同じ流れに乗せたい会社。

注意点：同じ事業者に名前の似た勤怠の製品があるため、申し込む前にどの製品を契約するのかを確かめてください。料金や給与ソフトとのつなぎ方は公式サイトで確認が必要です。

④ 表計算ソフトや紙で自前管理する

強み：費用と学習の手間がほとんどかかりません。家族従業員が1〜2名で勤務時間がほぼ固定なら、この方法でも賃金台帳に必要な数字はそろえられます。

向いている人：人を雇っていない、または雇用が少人数で当面増える予定がない会社。

注意点：自己申告だけの記録は、労働時間の実態と食い違ったときの説明が難しくなります。人数が増えたら早めに切り替えるほうが安全です。

導入前に確認しておきたいこと

比較表では見えにくい部分こそ、あとで効いてきます。契約前に次の点を確かめておくと安心です。

• 集計結果の受け渡し方法：勤怠と給与が別サービスの場合、どんな形式で連携できるのか
• 締め日と支給日の設定：自社の締めルールをそのまま設定できるか
• 記録の保存：賃金台帳や出勤簿の保存期間は経過措置があるため、最新の取扱いを確認する
• 人数が増えたときの料金と機能の変化：入り口の条件だけで決めない
• やめるときのこと：解約後に過去データを取り出せるか

なお、勤怠・給与の設定は社会保険や税務の取り扱いとつながっています。迷う論点が出てきたら、マイクロ法人の相談はどこにすべき？を参考に、早めに専門家へ相談したほうが結果的に安く済みます。

次にやること：人を雇う前後の手続きの順番

役員ひとりのうちは、勤怠よりも「役員報酬を毎月同じ日に同じ額で払う」「帳簿を毎月付ける」の2つを固めるのが先です。そのうえで、人を雇うと決めたら次の順番で進めると、勤怠と給与の仕組みが後追いになりません。各手続きの期限は、厚生労働省・日本年金機構・税務署の案内で確認してください。

順番	やること	勤怠とのつながり
1	役員として迎えるか、従業員として雇うかを決める	従業員なら労働時間の記録が必要になる
2	労働条件（始業・終業、休日、賃金の締め日と支給日）を書面で決める	勤怠の締め日と給与の締め日をそろえる
3	労働保険・社会保険の手続きが必要かを確認し、届け出る	働く時間によって加入の要否が変わるので、所定の労働時間を先に決める
4	出勤簿と賃金台帳の形を決める（表計算ソフトか、勤怠システムか）	労働日数・労働時間数・時間外の時間数を残せる形にする
5	給与の源泉徴収と、給与支払事務所の届出を確認する	給与ソフトに勤怠の数字を渡す流れを決める
6	最初の1〜2か月は、打刻と給与の数字を突き合わせる	ずれがあれば締め日や集計ルールを直す

給与を払い始めると、帳簿にも「給料手当」「預り金（源泉所得税・社会保険料）」などの科目が加わります。勤怠から給与、給与から帳簿へと数字が流れる道を最初に作っておくと、月末の作業が手作業の転記で詰まりません。勤怠システムを選ぶときも、この流れのどこに入るかで考えると判断しやすくなります。

給与計算のソフトをあわせて選ぶなら給与計算ソフト比較、記帳の土台から整えるならマイクロ法人の会計ソフトはどれ？や会計ソフトおすすめ10選で比べてから決めると、あとで乗り換える手間が減ります。立替経費の精算もあわせて仕組みにするなら立替経費の精算が参考になります。

よくある質問（FAQ）

Q. 社長ひとりの会社でも出勤簿は作ったほうがいい？

A. 労働者を雇っていないなら、法令上の出勤簿が問題になる場面はほとんどありません。ただし業務の実態を説明する材料として、作業ログを残しておくと役に立つことがあります。

Q. 家族を役員にした場合と従業員にした場合で、勤怠管理は変わる？

A. 変わります。従業員として雇うなら労働時間の記録が関わりますが、役員として就任してもらう場合は考え方が異なります。社会保険や役員報酬の扱いにも影響するため、どちらにするかは事前に専門家と整理しておくとよいでしょう。

Q. 勤怠システムは会計ソフトと同じ事業者でそろえるべき？

A. そろえると画面やデータの行き来は楽になります。一方、シフトや変則勤務が多い職場では勤怠専門のサービスのほうが選択肢が広いこともあります。働き方の複雑さで決めるとよいでしょう。

Q. 途中で別のサービスに乗り換えられる？

A. 乗り換えは可能ですが、過去の勤怠データをそのまま持ち込めるとはかぎりません。給与計算の締めと重ならない時期を選び、切り替え前後の1か月は両方の記録を残すと安全です。

Q. 打刻はスマホだけで済ませてもいい？

A. 記録が残る方法であれば、打刻の手段は事業の実態に合わせて選べます。ただし、実際の労働時間と記録が食い違わない運用にすることが前提です。詳しい要件は各サービスの公式情報で確認してください。

まとめ

• 役員ひとりの会社に勤怠管理システムは基本的に不要。役員は労働者にあたらず、役員報酬も毎月同額のため、打刻が給与に反映されない
• 人を雇った時点で、労働日数と労働時間数を記録する仕事が発生する。家族従業員も労働者にあたる
• 選ぶ軸は「働き方の種類の多さ」「給与計算へのつながり」「会計ソフトとそろえるか」の3つ
• 1〜2名で勤務時間が固定なら表計算ソフトでも回る。シフトや時間外労働が出てきたら仕組み化の検討どき
• 雇う前に、労働条件・保険の手続き・出勤簿と賃金台帳の形・給与への受け渡しの順番で準備する

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の案内や税理士などの専門家にご確認ください。