「マイクロ法人の会計ソフト、結局どれを選べばいいの？」
「freee・マネーフォワード・弥生、名前は聞くけど違いがわからない」
「個人事業でもうソフトを使っているのに、法人でもう1契約いるの？」

まず前提をそろえておきます。この記事のマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりの小さな会社（合同会社が選ばれることが多く、株式会社でも可）をもう一つ持ち、そこからの役員報酬を低めに設定して社会保険料の負担を抑える「マイクロ法人スキーム」で使う会社のことです。仕組みの全体像はマイクロ法人 社会保険料削減スキームの完全解説にまとめています。

私は現役のマイクロ法人社長として、法人と個人事業の両方の帳簿をつけています。最初はソフト選びで相当迷いましたが、顧問税理士の先生に相談したとき「一人法人なら、仕訳の入力しやすさより出口（申告）まで自分で行けるかで選んだほうがいい」と言われて、ようやく軸が定まりました。この記事でわかることは次のとおりです。

• マイクロ法人の会計ソフト選びで本当に見るべき「1本の軸」
• freee・マネーフォワード・弥生の設計思想の違い（料金は目安・要確認）
• 二刀流だと個人と法人で2契約になる理由と、その考え方
• 自分で申告する場合の限界と、税理士に頼む分岐点

選定の軸：仕訳の数ではなく「法人税の申告書まで作れるか」

マイクロ法人の経理は、一般的な事業会社と比べて驚くほど軽いのが特徴です。売上は月に数件、経費も役員報酬・社会保険料・通信費・会計ソフト代くらい。年間の仕訳が100件に届かない法人も珍しくありません。

つまり、「入力が速いか」「AIが自動仕訳してくれるか」といった機能は、マイクロ法人ではあまり効いてこないということです。むしろ効いてくるのは決算のほうで、法人は個人事業と違い、決算書に加えて法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税の申告書一式と、勘定科目内訳明細書・法人事業概況説明書などを作る必要があります。

ここで重要なのが、同じブランドの会計ソフトでも、法人税の申告書まで作れるかどうかは製品・プランによって分かれるという点です。「会計ソフトを契約したのに申告書が作れなかった」というのは、法人1年目に起きがちなつまずきです。契約前に必ず、公式サイトで「法人税の申告書作成に対応しているか」「別製品・上位プランが必要か」を確認してください。決算・申告そのものの難易度はマイクロ法人の決算・申告は自分でできる？で詳しく書いています。

3社の考え方の違いを整理する（料金は目安・要確認）

以下は2026年7月時点で私が把握している一般的な傾向の整理です。各社とも料金体系・機能・プラン構成の見直しが頻繁にあるため、金額や対応範囲は必ず公式サイトの最新情報でご確認ください。ここでは「どれが一番か」ではなく、設計の考え方の違いを押さえていただくのが狙いです。

観点	freee会計	マネーフォワード クラウド	弥生（弥生会計）
設計思想	簿記を知らない人でも進められるガイド型。独自の画面構成	会計の考え方に沿った作り。周辺サービスとの連携が広い	従来の会計ソフトの操作感を継承。デスクトップ版とクラウド版がある
法人申告	申告向けの機能・プランが用意されている（対象範囲は要確認）	申告向けの製品が別に用意されている（対象範囲は要確認）	申告は別製品や外部連携が前提になる場合がある（要確認）
銀行・カード連携	対応あり。自動取込が中心	対応あり。連携先の広さが強み	対応あり。製品・プランにより差
サポート	プランによりチャット・電話など段階あり	プランによりサポート範囲が変わる	サポート付きプランが用意されている
料金の目安	法人向けは年額数万円台からのレンジが一般的。プラン・キャンペーン・申告機能の有無で大きく変わるため要確認

どう選び分けるか

あくまで一般論としての整理ですが、次のような考え方が実務的だと思います。

• 簿記の知識がほとんどない：質問に答える形式で進められるガイド型のほうが挫折しにくい傾向があります
• すでに簿記の素養がある／個人事業で使い慣れたソフトがある：同じ操作感を法人でも使えるほうが学習コストは低くなります
• 税理士に頼む可能性がある：依頼先の税理士が対応しているソフトかどうかを先に聞くのが近道です。ここは意外と見落とされます
• 申告まで自分でやり切りたい：申告書作成まで含めた総額で比べる。会計ソフトの月額だけで比較すると判断を誤ります

私は「税理士に相談したときに話が通じるか」を重視して選びましたが、それが誰にとっても最適という話ではありません。無料お試し期間を使って、実際に自分の取引を数件入力してみるのが、いちばん確実な比較方法です。

試用するときに触っておきたい3か所

無料期間はつい放置しがちなので、最低限ここだけは触っておくと違いが見えます。

• 役員報酬と社会保険料の仕訳：マイクロ法人で毎月必ず出てくる処理です。預り金や法定福利費の扱いが直感的に入力できるかを見ておくと、1年分の作業量が想像できます
• 決算まわりの画面：決算書の出力、勘定科目内訳明細書の作成に対応しているか。ここが空欄だらけだと、決算期に慌てることになります
• 銀行・カードの連携設定：自分が使う予定の金融機関が連携対象に入っているか。法人口座は個人口座より対応範囲が狭い場合があります

逆に、細かいレポート機能や請求書発行の使い勝手は、取引が少ないマイクロ法人ではあまり差になりません。比較のポイントを絞ったほうが、判断は早く終わります。

二刀流なら、個人と法人で2契約になるのが基本

ここは費用面でのつまずきポイントです。個人事業と法人を並行する二刀流の場合、会計ソフトは原則として「個人事業用」と「法人用」で別契約になります。個人の青色申告用プランで法人決算はできませんし、その逆もできません。

結果として、ソフト代は個人分＋法人分の合算になります。年間で見れば数万円規模の追加負担ですから、マイクロ法人の維持費を試算するときは、均等割（年7万円程度が目安）や税理士費用と並べて、この分も忘れずに数えておいてください。維持費の全体像は合同会社の維持費で整理しています。

なお、同じブランドで個人・法人の両方を契約すると、管理画面や操作感がそろって混乱が減るという実務上の利点はあります。一方で、経費の付け先を間違えないよう帳簿を明確に分ける必要がある点は変わりません。個人と法人の経費をどう分けるかは二刀流の経費の分け方をご覧ください。

自分でやる限界と、税理士に頼む分岐点

会計ソフトがあれば全部自力でいけるかというと、そこは正直に線を引いておきたいところです。私の実感では、次のような場面に入ると難易度が一段上がります。

• 消費税の課税事業者になったとき：課税区分の判定や計算方式の選択が加わり、作業量と間違えたときの影響が大きくなります
• 役員貸付金・借入金など、社長と会社の間のお金が動いたとき：処理を誤ると税務上の論点になりやすい部分です
• 初年度の決算：設立費用の扱い、事業年度の区切り、届出の抜けなど、一度きりの論点が集中します
• 資産を買った・保険に入ったとき：減価償却や保険料の取り扱いは判断が分かれることがあります

逆に、売上が数件・経費も定型という状態が続くなら、ソフトを使って自分で申告している方も実際にいます。判断材料になるのは「自分の時間の値段」です。年に何十時間もかけて調べるより、その時間を売上に向けたほうが結果的に得だった、という話も珍しくありません。自力で進める場合の具体的な手順はマイクロ法人の確定申告を自分でやる方法にまとめています。

よくある質問（FAQ）

Q. マイクロ法人に、いちばんおすすめの会計ソフトはどれですか？

A. 一つに絞って「これが一番」とはお答えできません。簿記の知識、依頼予定の税理士が対応しているか、申告まで自分でやるかで最適解が変わります。無料期間で実際に触って比べるのが確実です。

Q. エクセルで自作ではだめですか？

A. 不可能ではありませんが、法人は決算書と申告書一式が必要で、様式も毎年更新されます。手間とミスのリスクを考えると、専用ソフトを使うほうが現実的だと思います。

Q. 個人事業で使っているソフトの契約に、法人分を追加できますか？

A. 多くの場合、個人向けプランと法人向けプランは別契約です。同じアカウントで管理できるかどうかはサービスによって異なるので、公式の案内をご確認ください。

Q. 途中でソフトを乗り換えられますか？

A. 可能ですが、期の途中で移すと残高の引き継ぎで手間がかかります。乗り換えるなら、決算が終わって新しい事業年度が始まるタイミングが無難です。

Q. 会計ソフト代は経費になりますか？

A. 法人の事業に使う分は経費として処理するのが一般的です。個人事業と法人で契約が分かれていれば、それぞれの側で処理する形になります。判断に迷うときは税理士にご確認ください。

まとめ：出口（申告）から逆算して選ぶ

この記事の要点を整理します。

• マイクロ法人は仕訳が少ないので、入力の速さより「法人税の申告書まで作れるか」で選ぶ
• 同じブランドでも申告対応は製品・プランで分かれる。契約前に公式で必ず確認する
• 3社の違いは設計思想の違い。料金・機能は変動するため金額は目安として扱う
• 二刀流は個人用と法人用で2契約になるのが基本。維持費の試算に入れておく
• 消費税の課税事業者になった時期や初年度決算は、税理士に頼む分岐点になりやすい

会計ソフトは「安いから」ではなく「最後まで自分で行けるか」で選ぶと後悔が減ります。どれを選んでも、期の途中で判断に迷う場面は必ず出てきますので、その時は早めに税理士へ相談してください。

※本記事は2026年7月時点の法令・運用を前提とした、筆者個人の理解と顧問税理士から聞いた内容に基づくものです。実際の判断は、顧問税理士・各機関にご確認のうえご自身の責任でお進めください。