【2026年版】マイクロ法人の確定申告を自分でやる方法｜決算から法人税申告まで完全ガイド

「マイクロ法人の確定申告、自分でやれる？」
「税理士に頼まず、年間40万円の顧問料を節約したい」
「具体的にどんな手順で進めればいい？」

マイクロ法人の確定申告（法人決算・法人税申告）は、会計ソフトとe-Taxを活用すれば自分でもできます。税理士に丸投げすれば年30〜40万円の顧問料がかかりますが、自力でやれば会計ソフト代の年4万円程度で済みます。なお本記事が対象とするマイクロ法人は、個人事業主が役員一人だけで設立し、役員報酬を低く抑えて社会保険料を最適化する法人（合同会社が主流）です。

この記事では、現役のマイクロ法人社長として、また顧問税理士の先生から教わった内容をベースに、

• マイクロ法人の確定申告の全体像
• 決算書作成の手順
• 法人税・消費税・地方税の申告
• e-Tax提出の方法
• 自分でやるリスクと税理士に頼むべきケース

を、徹底解説します。

マイクロ法人の確定申告の全体像

法人の確定申告は、「決算→法人税申告→地方税申告→消費税申告」の4ステップで進みます。

申告期限

• 法人税申告：事業年度終了日の翌日から2か月以内
• 地方税申告：法人税申告と同時
• 消費税申告：事業年度終了日の翌日から2か月以内（免税事業者は不要）

必要なツール

• クラウド会計ソフト（freee/MF/弥生など）
• e-Tax（電子申告）
• eLTAX（地方税電子申告）
• マイナンバーカード＋ICカードリーダー or スマホ

決算書作成の手順

ステップ① 日々の記帳を完了

事業年度内のすべての取引を会計ソフトに入力。銀行・クレカ連携を使えば自動取込で大幅効率化。

ステップ② 決算整理仕訳

• 減価償却費の計上
• 未払金・未収金の計上
• 棚卸資産の計上
• 引当金の計上（必要があれば）

ステップ③ 試算表チェック

勘定科目ごとの残高が正しいか、試算表で確認。会計ソフトが自動生成します。

ステップ④ 決算書の作成

会計ソフトが貸借対照表（B/S）と損益計算書（P/L）を自動生成。修正があれば手動で調整します。

法人税申告書の作成

主要な申告書

• 別表一：法人税額の計算
• 別表四：所得の金額の計算（会計上の利益→税務上の所得）
• 別表五（一）：利益積立金額の計算
• 別表五（二）：租税公課の納付状況
• 事業概況説明書：事業の概要

所得金額の計算

会計上の利益から、税務上の調整（交際費の損金不算入・受取配当金の益金不算入など）を加減算して所得金額を算出します。

法人税額の計算

所得金額	税率（資本金1億円以下）
800万円以下	15%
800万円超	23.2%

地方税申告書の作成

都道府県民税

• 均等割：年2万円（資本金1,000万円以下、従業員50人以下）
• 法人税割：法人税額×1%（標準税率）

市町村民税

• 均等割：年5万円（同上）
• 法人税割：法人税額×6%（標準税率）

事業税

• 所得金額×3.5〜7%（所得規模により変動）

マイクロ法人の均等割合計は年7万円（赤字でも発生）。

消費税申告

免税事業者の場合

原則として消費税申告不要。インボイス登録していなければ免税継続。

課税事業者の場合

• 本則課税：受取消費税 - 支払消費税 = 納税額
• 簡易課税：受取消費税 × みなし仕入率 = 控除額
• 2割特例：受取消費税 × 20% = 納税額（〜2026年9月）

e-Tax/eLTAXでの電子申告

① e-Tax（法人税・消費税）

マイナンバーカード＋ICカードリーダー（またはスマホ）で認証。法人税・消費税申告を電子提出できます。

② eLTAX（地方税）

地方税（都道府県民税・市町村民税・事業税）の電子申告。PCdeskというソフトを使います。

③ 利用者識別番号の取得

e-Tax利用には利用者識別番号の取得が必須。事前にWebで申請しておきます。

決算書の自己チェックリスト（申告書を作る前に）

会計ソフトが決算書を自動で作っても、数字が合っているかは自分で見るしかありません。申告書に進む前に、毎期確かめておきたい項目です。

• 現預金：帳簿の残高が、期末日の通帳残高・ネット銀行の画面と1円単位で一致している
• 役員借入金・役員貸付金：社長の立替経費や会社から社長への一時的な出金が整理され、残高の根拠を説明できる
• 未払金・未払費用：期末までに発生した経費（カード払い・社会保険料・通信費など）が計上されている
• 売掛金・未収入金：期末に請求済みで未入金のものが計上され、翌期の入金で消えている
• 減価償却：固定資産台帳と一致し、当期分の償却費が計上されている。少額減価償却資産の特例を使うなら要件（40万円未満＝令和8年4月1日以後の取得。それより前は30万円未満）を満たしている
• 前期末との整合：前期の貸借対照表の期末残高が、当期の期首残高と一致している
• 役員報酬：定期同額で、期中に変えていない（変えたなら議事録と理由がある）
• 消費税：税込・税抜の処理が期を通じて統一され、課税事業者なら納付額の計上がある
• 仮払金・仮受金：期末に残っていない（残っているなら中身を確定する）

ここで1つでも引っかかると別表の数字がすべてずれます。決算書の段階で直すほうがはるかに楽です。

別表の最小構成と役割

法人税申告書の「別表」は数十種類ありますが、一人会社で使うのはごく一部です。よく出てくるものを役割で整理します。

書類	何を書く表か	一人会社での出番
別表一	所得金額から法人税額を計算する「表紙」	毎期
別表二	同族会社の判定（株主の構成）	毎期（株主が社長1人なら同族会社）
別表四	会計の利益を税務の所得に直す（加算・減算）	毎期
別表五（一）	利益積立金・資本金等の額の明細（前期からの繰越）	毎期
別表五（二）	法人税・住民税・事業税の納付状況	毎期
別表七（一）	繰越欠損金の明細	赤字が出た期・繰越を使う期
別表十五	交際費等の損金算入の計算	交際費がある期
別表十六（一）（二）など	減価償却の明細（定額法・定率法）	固定資産がある期
別表十六（七）	少額減価償却資産の明細	特例を使った期
適用額明細書	租税特別措置（中小企業の軽減税率など）の適用を記載	軽減税率を使う期＝ほぼ毎期
勘定科目内訳明細書	預金・売掛金・借入金などの科目ごとの内訳	毎期
法人事業概況説明書	事業内容・従業員数・取引状況など	毎期

会計ソフトの申告機能や申告ソフトを使えば多くは自動で埋まりますが、「別表五（一）の期首残高が前期の期末と一致しているか」だけは毎回、目で確かめてください。ここがずれると翌期以降もずれ続けます。

地方税の提出先の整理表

地方税は「どこに・何を出すか」で最初につまずきます。本店が1か所のマイクロ法人を前提に整理します。

税目	提出先	内容
法人都道府県民税（均等割・法人税割）	都道府県税事務所	均等割は年2万円（資本金1,000万円以下・従業者50人以下の区分）
法人事業税・特別法人事業税	都道府県税事務所	所得に応じた税率。都道府県民税と同じ申告書で提出
法人市町村民税（均等割・法人税割）	市区町村の税務担当課	均等割は年5万円（同じ区分）
東京23区に本店がある場合	都税事務所にまとめて提出	市町村民税にあたる分も都民税として課税（均等割は合計7万円の区分）

※均等割の額は、総務省の税率資料（道府県民税は2万円から、市町村民税は5万円からの標準税率）に基づく2026年10月時点の標準的な区分です。自治体によって上乗せ（超過課税）があるので、実額は各自治体の案内で確認してください。

eLTAXなら、都道府県と市町村の申告書を1回の送信で各提出先へ振り分けてくれ、納付も共通納税の仕組みで一度に済ませられます。

e-Tax・eLTAXの事前準備（申告月に慌てないために）

電子申告でいちばん多い失敗は「申告書はできたのに、送信や納付の準備ができていない」です。決算月の2〜3か月前に次の4つを済ませておきます。

準備するもの	どこで	目安
e-Taxの利用者識別番号	e-Taxの開始届出書をオンラインで提出（法人設立ワンストップサービスからも可）	届出後すぐ発行
電子証明書	代表者のマイナンバーカードの署名用電子証明書で可（代表者以外が送信するなら電子委任状の登録）	カードの取得に数週間
ダイレクト納付の利用届出書	税務署へ書面で提出（法人は書面のみ）	利用できるまで1か月程度
eLTAXの利用者ID	PCdeskのウェブ版から「利用届出（新規）」を主たる提出先の自治体に対して行う	届出の時点でIDが有効

ダイレクト納付は届出書を出しただけでは使えず、e-Taxのメッセージボックスに口座の登録完了通知が届いてから納付できます。地方税側も口座振替で納めるなら口座の登録が別途必要で、審査に時間がかかるため早めに動いてください。

初年度は「作成に1日、送信の準備に1か月」と見ておくと安全です。設立直後の届出はマイクロ法人の設立手順5ステップに、法人成りの段取りは個人事業主から法人成りする流れ完全ガイドにまとめています。

よくある失敗と防ぎ方

① 期限の数え間違い

申告期限は「事業年度終了日の翌日から2か月以内」です。3月決算なら5月末、12月決算なら2月末（土日祝なら翌日）。納付も同じ日までなので、ダイレクト納付の引落し日を期限内に指定します。

② 均等割の払い忘れ

赤字でも均等割は発生します。「法人税がゼロだから地方税もゼロ」と思い込み、都道府県民税と市町村民税の均等割を納め忘れるケースがあります。申告書を作ったら、納付先が2つ（23区は1つ）あることを確かめてください。

③ 添付書類の漏れ

法人税の申告には決算書・勘定科目内訳明細書・法人事業概況説明書・適用額明細書が付きます。電子申告なら送信前の一覧で添付の有無を確認できます。

④ 前期からの転記ミス

別表五（一）・五（二）の期首残高、繰越欠損金の残高、固定資産の期首帳簿価額は前期の申告書から転記します。前期を税理士に頼み、今期から自分でやる人は、前期の申告書一式（控え）を先に手元にそろえてください。

⑤ 消費税の特例の期限を見落とす

本文で触れた2割特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する課税期間が対象です。それ以後の期は本則課税か簡易課税で計算することになるため、簡易課税を選ぶなら届出の期限に注意が必要です。最新の取扱いは国税庁の案内で確認してください。

自分でやるリスクと税理士に頼むべきケース

自分でやれる範囲

• シンプルな個人事業＋単一事業のマイクロ法人
• 取引件数月100件以下
• クラウド会計を継続的に運用
• 簿記知識3級程度はある

税理士に頼んだ方がいいケース

• マイクロ法人スキーム運営（行為計算否認リスク）
• 消費税の課税方式選択に迷う
• 外形標準課税（資本金1億円超）
• 従業員雇用（給与・社保手続き複雑）
• 過去に税務調査を受けた

「決算のみ依頼」という賢い選択肢

日々の記帳は会計ソフトで自分でやり、「決算と申告だけ税理士に依頼」するスタイルが、コストと安全のバランス最適解。

料金目安

• 決算のみ依頼：年15〜20万円
• フル顧問契約：年30〜40万円
• 差額：年15〜25万円の節約

よくある質問（FAQ）

Q. 自分でやって税務署からチェックは入る？

A. 申告書に問題があれば「お尋ね」が来ることがあります。申告内容の根拠資料を保管しておけば対応可能。

Q. 法人税申告書の作成に何日かかる？

A. クラウド会計の自動生成機能を使えば1〜2日で完結。簿記知識ゼロから始めると初年度は5〜10日。

Q. 申告期限を過ぎたらどうなる？

A. 延滞税・無申告加算税が発生。期限内に申告できないときは「期限後申告」も可能ですが、ペナルティ大。

Q. 簿記知識ゼロでも自分でやれる？

A. 厳しいです。freee会計なら質問形式で進められますが、最初は税理士相談を活用するのが安全。

Q. 自分でやった後、間違いに気づいたら？

A. 修正申告を提出すればOK。納税額が増えるなら追加納付、減るなら還付申告。

まとめ：「クラウド会計＋e-Tax＋決算のみ税理士依頼」が最強

• マイクロ法人の確定申告は自分でやれる
• クラウド会計＋e-Taxで効率化
• 地方税はeLTAXで電子申告
• マイクロ法人スキーム運営者は税理士活用推奨
• 「決算のみ依頼」で年15〜20万円のコスト

※本記事は2026年6月時点の法令・運用を前提とした、筆者個人の理解と顧問税理士から聞いた内容に基づくものです。

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