【2026年版】マイクロ法人の確定申告を自分でやる方法｜決算から法人税申告まで完全ガイド
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「マイクロ法人の確定申告、自分でやれる？」
「税理士に頼まず、年間40万円の顧問料を節約したい」
「具体的にどんな手順で進めればいい？」
マイクロ法人の確定申告（法人決算・法人税申告）は、会計ソフトとe-Taxを活用すれば自分でもできます。税理士に丸投げすれば年30〜40万円の顧問料がかかりますが、自力でやれば会計ソフト代の年4万円程度で済みます。なお本記事が対象とするマイクロ法人は、個人事業主が役員一人だけで設立し、役員報酬を低く抑えて社会保険料を最適化する法人（合同会社が主流）です。
この記事では、現役のマイクロ法人社長として、また顧問税理士の先生から教わった内容をベースに、
- マイクロ法人の確定申告の全体像
- 決算書作成の手順
- 法人税・消費税・地方税の申告
- e-Tax提出の方法
- 自分でやるリスクと税理士に頼むべきケース
を、徹底解説します。
マイクロ法人の確定申告の全体像
法人の確定申告は、「決算→法人税申告→地方税申告→消費税申告」の4ステップで進みます。
申告期限
- 法人税申告：事業年度終了日の翌日から2か月以内
- 地方税申告：法人税申告と同時
- 消費税申告：事業年度終了日の翌日から2か月以内（免税事業者は不要）
必要なツール
- クラウド会計ソフト（freee/MF/弥生など）
- e-Tax（電子申告）
- eLTAX（地方税電子申告）
- マイナンバーカード＋ICカードリーダー or スマホ
決算書作成の手順
ステップ① 日々の記帳を完了
事業年度内のすべての取引を会計ソフトに入力。銀行・クレカ連携を使えば自動取込で大幅効率化。
ステップ② 決算整理仕訳
- 減価償却費の計上
- 未払金・未収金の計上
- 棚卸資産の計上
- 引当金の計上（必要があれば）
ステップ③ 試算表チェック
勘定科目ごとの残高が正しいか、試算表で確認。会計ソフトが自動生成します。
ステップ④ 決算書の作成
会計ソフトが貸借対照表（B/S）と損益計算書（P/L）を自動生成。修正があれば手動で調整します。
法人税申告書の作成
主要な申告書
- 別表一：法人税額の計算
- 別表四：所得の金額の計算（会計上の利益→税務上の所得）
- 別表五（一）：利益積立金額の計算
- 別表五（二）：租税公課の納付状況
- 事業概況説明書：事業の概要
所得金額の計算
会計上の利益から、税務上の調整（交際費の損金不算入・受取配当金の益金不算入など）を加減算して所得金額を算出します。
法人税額の計算
| 所得金額 | 税率（資本金1億円以下） |
| 800万円以下 | 15% |
| 800万円超 | 23.2% |
地方税申告書の作成
都道府県民税
- 均等割：年7万円（資本金1,000万円以下、従業員50人以下）
- 法人税割：法人税額×1%（標準税率）
市町村民税
- 均等割：年5万円（同上）
- 法人税割：法人税額×6%（標準税率）
事業税
- 所得金額×3.5〜7%（所得規模により変動）
マイクロ法人の均等割合計は年7万円（赤字でも発生）。
消費税申告
免税事業者の場合
原則として消費税申告不要。インボイス登録していなければ免税継続。
課税事業者の場合
- 本則課税：受取消費税 - 支払消費税 = 納税額
- 簡易課税：受取消費税 × みなし仕入率 = 控除額
- 2割特例：受取消費税 × 20% = 納税額（〜2026年9月）
e-Tax/eLTAXでの電子申告
① e-Tax（法人税・消費税）
マイナンバーカード＋ICカードリーダー（またはスマホ）で認証。法人税・消費税申告を電子提出できます。
② eLTAX（地方税）
地方税（都道府県民税・市町村民税・事業税）の電子申告。PCdeskというソフトを使います。
③ 利用者識別番号の取得
e-Tax利用には利用者識別番号の取得が必須。事前にWebで申請しておきます。
自分でやるリスクと税理士に頼むべきケース
自分でやれる範囲
- シンプルな個人事業＋単一事業のマイクロ法人
- 取引件数月100件以下
- クラウド会計を継続的に運用
- 簿記知識3級程度はある
税理士に頼んだ方がいいケース
- マイクロ法人スキーム運営（行為計算否認リスク）
- 消費税の課税方式選択に迷う
- 外形標準課税（資本金1億円超）
- 従業員雇用（給与・社保手続き複雑）
- 過去に税務調査を受けた
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「自分で確定申告するけど、税務調査だけは不安」という方は、「税務調査あんしんメンバーシップ」も選択肢。年払いサブスクで税務調査対策の備えができます。フル顧問契約より低コスト。
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「決算のみ依頼」という賢い選択肢
日々の記帳は会計ソフトで自分でやり、「決算と申告だけ税理士に依頼」するスタイルが、コストと安全のバランス最適解。
料金目安
- 決算のみ依頼：年15〜20万円
- フル顧問契約：年30〜40万円
- 差額：年15〜25万円の節約
よくある質問（FAQ）
Q. 自分でやって税務署からチェックは入る？
A. 申告書に問題があれば「お尋ね」が来ることがあります。申告内容の根拠資料を保管しておけば対応可能。
Q. 法人税申告書の作成に何日かかる？
A. クラウド会計の自動生成機能を使えば1〜2日で完結。簿記知識ゼロから始めると初年度は5〜10日。
Q. 申告期限を過ぎたらどうなる？
A. 延滞税・無申告加算税が発生。期限内に申告できないときは「期限後申告」も可能ですが、ペナルティ大。
Q. 簿記知識ゼロでも自分でやれる？
A. 厳しいです。freee会計なら質問形式で進められますが、最初は税理士相談を活用するのが安全。
Q. 自分でやった後、間違いに気づいたら？
A. 修正申告を提出すればOK。納税額が増えるなら追加納付、減るなら還付申告。
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- マイクロ法人の確定申告は自分でやれる
- クラウド会計＋e-Taxで効率化
- 地方税はeLTAXで電子申告
- マイクロ法人スキーム運営者は税理士活用推奨
- 「決算のみ依頼」で年15〜20万円のコスト
※本記事は2026年6月時点の法令・運用を前提とした、筆者個人の理解と顧問税理士から聞いた内容に基づくものです。
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