【2026年版】予定納税を払った年の確定申告｜申告書でどう精算されるか、還付になるケース

「夏と秋に予定納税を払ったのに、確定申告でまた全額を払うの？」
「今年は売上が落ちたから、前払いした分が戻ってくるのか知りたい」
「申告書のどこに予定納税の金額を書けばいいのかわからない」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

予定納税は、前年の所得税額をもとに今年分の所得税の一部を先に納める仕組みです。払ったきりで終わりではなく、翌年の確定申告で1年分の税額と突き合わせて精算されます。この「精算」の流れを知らないまま申告書を作ると、二重に払ってしまったり、戻るはずのお金を取りこぼしたりします。この記事で扱うのは次の4点です。

• 予定納税が「前払い」である理由と、対象になる人
• 確定申告書のどの欄で差し引かれるか
• 所得が減った年に還付になる仕組み（計算例つき）
• 減額申請をしていた場合の扱いと、予定納税額の確認方法

予定納税は「今年の所得税の前払い」

予定納税の対象になるのは、前年の確定申告をもとに計算した予定納税基準額が15万円以上の人です。該当すると税務署から通知が届き、7月と11月の2回に分けて納めます。自分で申請して始めるものではなく、通知が来た人だけが対象という点が特徴です。

ここで大事なのは、予定納税は「去年の税金の追加分」ではなく「今年の税金の前払い」だということです。今年1年の所得税額は翌年の確定申告で初めて決まります。その確定した税額から、すでに前払いした予定納税額を差し引いた残りを納める。これが精算の基本です。

仕組みそのものや減額申請の考え方は、予定納税の全知識でまとめています。この記事では、予定納税を払い終えた人が翌年2〜3月に申告書を作る場面に絞って解説します。

確定申告書のどの欄で精算されるのか

確定申告書第一表の「税金の計算」の部分は、上から順に次の流れで組み立てられています。

• 1年分の所得を合計し、所得控除を引いて課税される所得を出す
• 課税される所得に税率をかけて所得税額を出す（速算表は国税庁の手引で確認）
• 税額控除を引き、復興特別所得税を含めた年税額を求める
• 給与や報酬から源泉徴収された税額を引く
• さらに予定納税額（第1期分・第2期分の合計）を引く
• 残りがプラスなら「納める税金」、マイナスなら「還付される税金」になる

つまり、予定納税額は申告書の下のほうにある専用の欄に書き、年税額から差し引く形で精算されます。確定申告で納めるのは「第3期分」と呼ばれる残りの部分だけで、年税額をもう一度全額払うわけではありません。

注意したいのは、予定納税額の欄は自分で入力する点です。e-Taxの作成画面や会計ソフトには予定納税額を入れる欄が用意されていますが、通知された金額が自動で入るとは限りません。入力を忘れると、前払い分が引かれないまま「納める税金」が多く計算されてしまいます。申告書を作り終えたら、この欄に金額が入っているかを目で確認する習慣をつけてください。

所得が減った年は還付になる（計算例）

予定納税は前年の所得をもとに計算されるので、今年の所得が前年より減ると「前払いしすぎ」の状態になります。この場合、確定申告で差額が還付されます。通知された予定納税額が1回あたり10万円、合計20万円だったとして、3つのケースを並べてみます。年税額の数字は説明用の仮の金額で、実際には税率をかけて求めます。

ケース	確定申告で出た年税額	予定納税額の合計	結果
所得が前年並み	30万円	20万円	差額10万円を3月15日までに納める
所得が減った	15万円	20万円	差額5万円が還付される
所得が大きく減った	0円	20万円	20万円が全額還付される

還付になる年は、申告書に還付金の振込先口座を書きます。口座は本人名義のものに限られます。振込までの期間は、e-Taxなら3週間程度、書面提出ならそれより長めが目安とされていますが、時期や内容によって前後するので「目安」として捉えてください。

個人事業の売上が落ちた年は、申告書を作りながら「予定納税を払っておいてよかった」と感じる場面もあります。前払いが戻ってくる形になるので、春の資金繰りが少し楽になるからです。

減額申請をしていた場合の扱い

今年の所得が大きく減る見込みがある場合、予定納税の減額を申請できる手続きがあります。申請が認められると、通知された予定納税額が減るか、0円になります。申請には期限があるので、通知書や国税庁の案内で確認してください。

減額申請をしていた人が申告書を作るときは、減額後の予定納税額を予定納税額の欄に書きます。減額前の通知額を書いてしまうと、実際には払っていない金額を差し引くことになり、申告内容が実態と合わなくなります。

逆に、減額申請をしないまま納期限までに予定納税を払っていない場合は、未納分が消えるわけではありません。申告書の予定納税額の欄には通知された金額を書き、未納分は別途納める必要があります。納期限を過ぎた分には延滞税がかかることがあるので、払えない事情があるときは早めに税務署へ相談するのが現実的です。

予定納税額を確認する3つの方法

申告書に書く予定納税額は、記憶や概算ではなく、次のいずれかで確認した金額を使います。

• 税務署から届いた通知書：予定納税額と納期が書かれています。減額申請が認められた場合は、その後に届く通知の金額が優先です
• e-Taxのメッセージボックス：通知書の電子送付を選んでいると、紙ではなくメッセージボックスに届きます。紙の納付書が届かなくなった経緯は国税の納付書が届かなくなった件で触れています
• 納付した記録：振替納税なら通帳の引き落とし、ダイレクト納付やクレジットカード納付なら履歴、窓口納付なら領収証書で確認できます

通知書をなくした場合は、所轄の税務署に問い合わせれば金額を確認できます。申告直前に慌てないよう、7月と11月に納付したら通知書と納付の記録を確定申告用のファイルに入れておくと安心です。

なお、今年の確定申告で年税額が大きくなると、来年も予定納税の対象になる可能性があります。1年の支払いの流れは個人事業主の税金はいつ払う？1年の納付カレンダーで、年内に申告準備を終える段取りは確定申告の準備を年内に終わらせる逆算カレンダーで整理しています。

よくある質問（FAQ）

Q. 予定納税を払ったのに、確定申告でもう一度全額を払うことになりますか？

A. なりません。確定申告書の予定納税額の欄に納めた金額を書けば、年税額から差し引かれます。納めるのは差額だけで、年税額より前払いが多ければ還付になります。

Q. 予定納税額の欄を書き忘れて申告してしまいました。どうすればいいですか？

A. 税額を多く申告した形になるので、更正の請求で正しい内容に直せます。手続きの流れは確定申告のあとに間違いに気づいたらで解説しています。気づいた時点で早めに動いてください。

Q. 還付金はいつ振り込まれますか？

A. e-Taxで申告した場合は3週間程度、書面提出はそれより長めが目安です。ただし申告の時期や内容によって前後します。還付先は本人名義の口座に限られるので、申告書の口座欄は正確に書いてください。

Q. 予定納税の通知が来たのに払わなかった場合はどうなりますか？

A. 未納分がなくなるわけではなく、納期限を過ぎた分には延滞税がかかることがあります。所得が減る見込みなら減額申請、払えない事情があるなら税務署への相談を早めに検討してください。

Q. 役員報酬と個人事業の二刀流でも予定納税の対象になりますか？

A. なり得ます。予定納税基準額は前年の所得税額のうち源泉徴収されていない部分などをもとに計算され、15万円以上なら対象です。詳しい計算の考え方は国税庁の案内で確認してください。

まとめ

予定納税を払った年の確定申告は、「前払い分を差し引く」という一点を押さえれば難しくありません。

• 予定納税は今年の所得税の前払いで、基準額15万円以上の人に7月・11月の2回で通知される
• 申告書では源泉徴収税額の次に予定納税額を差し引き、残りを「第3期分」として納める
• 所得が減った年は前払いが多くなり、差額が還付される
• 減額申請をしていた場合は、減額後の金額を申告書に書く
• 予定納税額は通知書・e-Taxのメッセージボックス・納付記録で確認し、入力漏れを目で確かめる

予定納税額の欄に金額が入っているかどうかで、納める税額も還付額も変わります。申告書を送る前に、その1行だけはもう一度見直してください。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。