【2026年版】確定申告のあとに間違いに気づいたら｜更正の請求と修正申告の使い分け

「申告書を出したあとに、経費の入れ忘れを見つけてしまった」
「売上を二重に計上していたかもしれない。今さら直せる？」
「間違いを直すと税務署に目をつけられそうで怖い」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

申告書を提出したあとに間違いに気づくのは、珍しいことではありません。大切なのは、気づいた時点で正しい手続きを選び、早めに動くことです。直す手続きはきちんと用意されていて、隠すより直すほうが負担は軽く済みます。

• 納めすぎ・少なすぎで手続きが分かれること
• それぞれの手続きの中身と、期限の考え方
• 気づいた時期によって扱いが変わること
• 放置したときのリスクと、証拠書類の残し方

申告後の間違いには「2つの出口」がある

申告書を出したあとの訂正は、税額が動く向きによって手続きの名前が変わります。ここを最初に押さえておくと、調べものが一気に楽になります。

納めた税金が多すぎた（本来より税額が小さくなるはずだった）なら「更正の請求」、納めた税金が少なすぎた（本来より税額が大きくなるはずだった）なら「修正申告」です。同じ「申告の間違い直し」でも、目的も手続きも別物だと考えてください。

項目	更正の請求	修正申告
どんなとき	税金を納めすぎていた	税金が足りなかった
よくある原因	経費の入れ忘れ、控除の付け忘れ	売上の計上漏れ、経費の過大計上
お金の動き	認められれば還付される	不足分を追加で納める
結論が出るまで	税務署の審査を経て決まる	自分の申告でいったん確定する
期限の考え方	期間の区切りがあるとされる	気づいた時点で早く出すほどよい

表のいちばん下、期限の考え方が左右で違う点がこの記事のポイントです。納めすぎの取り戻しには時間の区切りがあり、足りない分の追加には「早いほど有利」という時間の力学が働きます。

納めすぎていた場合：更正の請求

更正の請求は、「税金を返してください」と税務署に申し出る手続きです。自分で出し直して終わりではなく、税務署が内容を確認し、認められた場合に還付されます。請求すれば通るというものではないので、根拠となる資料をそろえて出すことが前提になります。

個人事業で多いのは、次のようなケースです。

• 経費の領収書が後から出てきた（別のファイルに紛れていた、カード明細を見落としていた）
• 使える控除を付け忘れていた（家族分の保険料や医療費など、手元の資料を入れ忘れた）
• 家事按分の割合を誤って低く入れていた
• 同じ売上を二重に計上していた

気になる期限ですが、更正の請求ができるのは原則として法定申告期限から5年以内とされています。ただし年分や事情によって扱いが異なる場合があり、制度自体も見直されることがあるため、最新の取り扱いは国税庁のサイトで確認してください。また「5年あるから急がなくていい」と考えるのは危険です。年数が経つほど当時の資料も記憶も薄れ、説明が難しくなります。

足りなかった場合：修正申告

修正申告は、自分から「申告が足りませんでした」と出し直す手続きです。更正の請求と違って税務署の審査を待つ形ではなく、自分の申告でいったん内容が確定し、不足していた税額を追加で納めます。

よくあるのは、年末近くに入金された売上の計上漏れ、プライベートな支出を経費に入れていた、在庫の数え間違いで利益が小さく出ていた、といったケースです。記帳の段階でのつまずきについては月次経理のルーティンも参考にしてください。

修正申告で覚えておきたいのは、本来の税額に加えて、加算税や延滞税といった負担が乗る場合があるということです。率は改正や特例で変わるためここでは書きませんが、共通しているのは「遅くなるほど重くなる」という方向性です。とくに、税務署の調査で指摘される前に自分から出したかどうかで扱いが変わるとされています。気づいたのに先延ばしにするのは、いちばん損な選択です。

気づいた時期によって扱いが変わる

もうひとつ知っておきたいのが、「いつ気づいたか」で手続きの名前が変わることです。

申告期限（例年2月16日から3月15日ごろ。土日の関係で翌平日にずれる年があります）より前に間違いに気づいた場合は、更正の請求でも修正申告でもなく、単純に申告書を出し直すという扱いになるとされています。期限内であれば、あとから出したものが有効なものとして扱われる考え方です。この場合は加算税のような話も基本的に出てきません。

つまり、3月の期限前に見つけられれば、いちばん軽い訂正で済むということです。提出したあとに「もう終わった」と資料を片づけてしまう人は多いのですが、期限までのあいだに一度だけ数字を見返す時間を取っておくと、余計な手続きを丸ごと避けられます。申告の流れ全体は開業1年目の確定申告の流れで整理しています。

放置するとどうなるか

「少なく申告していた気がするけれど、何も言われないならそのままでいいのでは」と考えたくなる気持ちはわかります。ただ、放置には次のようなリスクがあります。

1つ目は、負担が増えていくことです。不足分の税金そのものは消えません。そのうえで、時間の経過に応じた負担が上乗せされる仕組みになっています。早く動けば動くほど、支払う総額は小さくなる方向に働きます。

2つ目は、自分から出したという事実が使えなくなることです。調査で指摘されてから直す場合と、自分で気づいて直す場合とでは扱いが変わるとされています。順番が逆になるだけで、同じ間違いでも結果が変わってしまいます。

3つ目は、間違いが翌年以降に引き継がれることです。在庫の金額や減価償却の残高、固定資産台帳の数字などは翌年の出発点になります。1年目の誤りを直さないと、同じ誤りが毎年コピーされていきます。

証拠書類の残し方と、再発を防ぐ仕組み

更正の請求も修正申告も、支えになるのは「なぜその数字なのか」を説明できる資料です。手続きの中身より、この準備のほうが実は重要です。

まず、訂正の対象になった年分の資料は一式まとめて別に保管してください。領収書や請求書に加え、訂正の理由を自分の言葉で書いたメモを一枚添えておくと、後から見返したときに再現できます。いつ気づいたか、どの資料を根拠に直したか、この2点が書いてあれば十分です。

データで保存する場合のルールは電子帳簿保存法への対応で整理しています。訂正した年分は参照する機会が増えるので、フォルダ名に年分と「訂正」と入れておくだけでも探す手間が減ります。

そして再発防止です。申告後に見つかる間違いは、「迷って後回しにした取引」から出やすいものです。月ごとに保留取引をゼロにしてから次の月に進むルールにすれば、年末の総点検で拾える確率が上がります。判断に迷う論点が続く場合は、マイクロ法人の相談はどこにすべき？も参考にしてください。

よくある質問（FAQ）

Q. 間違いを直すと税務署に目をつけられませんか？

A. 訂正の手続きは制度として用意されているものです。自分から間違いを直すことと、調査の対象になることは別の話と考えてください。むしろ放置して後から指摘されるほうが、負担が重くなる方向に働きます。

Q. 更正の請求はいつまでできますか？

A. 原則として法定申告期限から5年以内とされていますが、年分や事情によって扱いが異なる場合があり、制度も見直されることがあります。最新の期間は国税庁のサイトで確認し、いずれにせよ資料が残っているうちに動くのが安全です。

Q. 修正申告に期限はありますか？

A. 更正の請求のような形での区切りは設けられていないとされ、気づいた時点で提出できます。ただし遅くなるほど加算税や延滞税といった負担が乗りやすくなるため、実質的には「早いほどよい」と考えてください。

Q. 金額がとても小さい間違いでも直すべきですか？

A. 金額の大小だけで判断せず、翌年に影響するかどうかで考えるのがおすすめです。在庫や固定資産のように翌年の出発点になる数字は、小さな誤差でも直しておいたほうが後が楽になります。

Q. 個人事業とマイクロ法人の両方をやっている場合、手続きは同じですか？

A. 考え方の方向性は同じですが、法人の申告は個人の確定申告と手続きが別です。どちらの申告を直すのかを最初にはっきりさせ、必要に応じて税理士に相談してください。

まとめ

この記事の要点を整理します。

• 納めすぎは更正の請求、足りなかったら修正申告という2方向で整理する
• 更正の請求は原則5年以内とされているが、最新の期間は国税庁で確認する
• 修正申告は率こそ変動するものの、遅くなるほど負担が乗りやすい
• 申告期限より前に気づけば、単に出し直すだけのいちばん軽い訂正で済む
• 訂正の理由を書いたメモを資料に添え、翌年に誤りを持ち越さない

申告書を出したあとの間違いは、見つけた時点が「いちばん早いタイミング」です。慌てて隠す方向に動くより、どちらの手続きに当たるかを確かめて、資料をそろえるところから始めてください。

※本記事は2026年9月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、申告期限も年によって変わります。実際の申告・手続きは、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。