【2026年版】法人税・消費税の納付方法の選び方｜ダイレクト納付・ネットバンキング・カード・窓口を比較

「初めての決算。申告書はできたけれど、税金はどうやって払えばいいの？」
「納付書が届くと思って待っていたのに、いつまでたっても来ない」
「カードで払えるなら払いたい。でも手数料はかかるの？」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

法人税や消費税の納付期限は、事業年度終了の日の翌日から2か月以内です。申告書の提出と同じ期限なので、納付方法は申告の前に決めておくのが理想です。設立したばかりの会社では、この準備が後回しになりがちです。この記事では次の4点を整理します。

• 国税の主な納付方法と、それぞれの特徴
• 一人社長の会社への向き不向きを比較した早見表
• 「納付書が届かない」前提での準備のしかた
• 地方税の納付と、選び方の考え方

国税の主な納付方法は5種類

法人税・地方法人税・消費税などの国税は、大きく分けて次の方法で納められます。

• ダイレクト納付：e-Taxで申告した後、事前に届け出た会社の口座から引き落とす方法
• インターネットバンキング：金融機関のネットバンキングから、ペイジーの仕組みで納める方法
• クレジットカード：国税庁の指定するサイトからカードで納める方法
• コンビニ納付：専用のコードが付いた書面を使ってコンビニで納める方法
• 窓口納付：納付書を使って金融機関や税務署の窓口で納める方法

このほかにスマホアプリでの納付もあります。なお個人事業主でおなじみの「振替納税」は、個人の所得税や消費税向けの仕組みで、法人の法人税には使えない点に注意してください。法人で口座からの自動引き落としに近いことをしたい場合は、ダイレクト納付を使います。

ダイレクト納付の届出のやり方や期日指定、自動ダイレクトの使い方はダイレクト納付とは？届出のやり方と振替納税との違いで、地方税も含めた国税庁のキャッシュレス納付の案内は国税庁のキャッシュレス納付のチラシ解説で詳しく説明しています。

納付方法の比較早見表

それぞれの特徴を、一人社長の目線で比べました。手数料や1回あたりの上限額は変わることがあるため、表には載せていません。利用する前に国税庁の案内で確認してください。

納付方法	特徴	一人社長への向き不向き
ダイレクト納付	e-Taxから操作して会社の口座から引き落とす。事前の届出が必要	◎ e-Taxで申告するなら最有力。外出不要で記録も残る
インターネットバンキング	ネットバンキングから納付。金融機関がペイジーに対応していることが条件	○ 法人口座でネットバンキングを使っているなら手軽
クレジットカード	国税庁の指定サイトから納付。決済手数料がかかる	△ 支払いを先に延ばせるが、手数料の分だけ負担が増える
コンビニ納付	専用のコードが付いた書面で納付。金額に上限がある	△ 少額の納付向き。上限を超える額は使えない
窓口納付	納付書を使って金融機関や税務署で納付	△ 確実だが、平日の日中に出向く必要がある

e-Taxで申告するなら、その流れのままダイレクト納付を使うのが手軽です。申告の直後に同じ画面の流れで納付の手続きまで進められるので、「申告は済んだけれど納付を忘れた」という事故が起きにくくなります。

方法ごとの注意点

ダイレクト納付は「事前の届出」が必要

ダイレクト納付を使うには、あらかじめ税務署に届出書を出して、引き落とし口座を登録しておく必要があります。届出から使えるようになるまでに時間がかかるため、決算日の前に済ませておくのが安全です。引き落とし日を指定できるので、期限当日に残高が足りるよう資金を移しておきましょう。e-Taxの基本的な使い方はe-Tax確定申告のやり方でも解説しています。

クレジットカードは手数料と上限を確認

カード納付は、手元資金が一時的に足りないときの選択肢になります。ただし決済手数料は納める側の負担で、税金そのものとは別に支払いが発生します。ポイント還元を目当てに使う場合も、手数料と比べて本当に得かを確認してください。カードの利用限度額によっては、一度に納められないこともあります。

コンビニ・窓口は「書面」がないと使えない

コンビニ納付と窓口納付は、どちらも納付のための書面が必要です。ところが後で説明するとおり、納付書は自動では届かないのが今の運用です。書面をどう手に入れるかを先に考えておかないと、期限の直前に困ることになります。

どの方法でも「納めた記録」を残す

納付を済ませたら、その記録を保存しておきましょう。ダイレクト納付やネットバンキングなら受付結果の画面や通知、カードなら決済完了の画面、窓口なら領収証書が記録になります。帳簿では、法人税などの納付は「法人税、住民税及び事業税」や「未払法人税等」の取り崩しとして処理するのが一般的です。消費税は税抜経理か税込経理かで処理が変わるので、会計ソフトの設定に合わせてください。記録があれば、翌期に「前期の税金をきちんと払ったか」を確認するときにも迷いません。

納付書は届かない前提で準備する

以前は税務署から納付書が送られてくるのが当たり前でしたが、今はe-Taxの利用が進んだことで、納付書の事前送付が行われないケースが広がっています。設立したばかりの会社で「そのうち届くだろう」と待っていると、期限を過ぎてしまうおそれがあります。

対策はシンプルで、次のどちらかです。

• 書面を使わない方法（ダイレクト納付・ネットバンキング・カード）を選ぶ
• 書面を使うなら、e-Taxで作成するか、税務署で入手しておく

納付書が届かなくなった経緯と具体的な対処は、国税の納付書も届かなくなった（e-Taxと事前送付）で詳しくまとめています。初めての納付の前に一度目を通しておくと安心です。

地方税は別ルートで納める

法人住民税や法人事業税などの地方税は、国税とは納め先が異なります。自治体ごとの納付書で納めるほか、地方税の共通納税の仕組みを使えば、複数の自治体への納付を電子でまとめて行えます。期限は国税と同じく、原則として事業年度終了の日の翌日から2か月以内です。

国税と地方税の両方を電子で納められるようにしておくと、決算のたびに窓口へ出向く必要がなくなります。予定納税や源泉所得税の納付も含めた1年間の流れは、マイクロ法人設立後の年間スケジュール完全カレンダーで確認できます。

よくある質問（FAQ）

Q. 法人でも振替納税を使えますか？

A. 振替納税は個人の所得税や消費税向けの仕組みで、法人の法人税には使えません。法人で口座から引き落として納めたい場合は、事前に届出をしてダイレクト納付を使うのが一般的です。

Q. クレジットカードで納付すると、手数料はいくらかかりますか？

A. 納付額に応じた決済手数料がかかりますが、金額の基準は変わることがあるため、この記事では記載していません。利用する前に国税庁の案内や指定サイトで確認してください。手数料は納める側の負担です。

Q. 納付書が届かないまま期限が近づいています。どうすればいいですか？

A. 書面が不要なダイレクト納付やネットバンキングで納めるか、e-Taxで納付用の書面を作成する、税務署で入手するといった方法があります。届くのを待たずに、自分で手段を用意するのが基本です。

Q. 期限の日に納付すれば、遅れにはなりませんか？

A. 期限当日の納付であれば期限内です。ただしダイレクト納付の引き落とし日の指定や、金融機関の受付時間によっては当日中に処理できないこともあります。期限の数日前には手続きを終えておくのが安全です。

Q. 法人税と消費税は別々に納める必要がありますか？

A. 税目ごとに納付の手続きが分かれますが、期限は原則として同じ日です。ダイレクト納付やネットバンキングなら、同じ日にまとめて手続きできます。税目を取り違えないよう、画面や書面の表示を確認しながら進めてください。

まとめ

法人税・消費税の納付方法の選び方を整理します。

• 国税の納付方法はダイレクト納付・ネットバンキング・カード・コンビニ・窓口が中心
• e-Taxで申告する一人社長なら、ダイレクト納付が最も手間が少ない。事前の届出は決算日前に
• 振替納税は個人向けで、法人の法人税には使えない
• カード納付は手数料が納める側の負担。手数料や上限額は国税庁で確認する
• 納付書は届かない前提で、書面が不要な方法を選ぶか自分で用意する

納付方法は一度決めてしまえば、毎年同じ流れで進められます。初めての決算の前に1回だけ準備しておけば、あとはずっと楽になるので、今のうちに整えておきましょう。

※本記事は2026年9月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。