【2026年版】個人事業主・一人社長の医療費控除とセルフメディケーション税制｜10万円の壁と、どちらを選ぶかの考え方

「病院代が年間10万円に届かないから、医療費控除は関係ないと思っていた」
「市販薬ばかり買っているけど、これも何かの控除になるの？」
「自分の医療費を事業の経費にしていいのか迷っている」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

医療費に関する所得控除には、昔からある医療費控除と、市販薬向けのセルフメディケーション税制の2つがあります。どちらも確定申告で使う制度ですが、同じ年に両方は使えません。「10万円の壁」だけを覚えていると、受けられたはずの控除を見逃すことがあります。この記事で扱うのは次の4点です。

• 医療費控除の計算と「10万円または総所得の5%」の意味
• セルフメディケーション税制の計算と条件
• 併用できない2つの制度を、どちらにするか決める考え方（計算例と表）
• 明細書の作り方と、個人事業主・一人社長ならではの注意点

医療費控除の計算：10万円または総所得の5%を超えた分

医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えたときに、超えた分を所得から差し引ける制度です。計算の手順は次のとおりです。

• その年に実際に支払った医療費を合計する（本人と、生計を一にする家族の分）
• 生命保険の入院給付金や、健康保険の高額療養費・出産育児一時金など、医療費を補てんする金額を引く
• そこから10万円を引く。ただし総所得金額等が200万円未満の人は、総所得の5%を引く
• 残った金額が控除額。上限は200万円

たとえば、1年の医療費が25万円、入院給付金として5万円を受け取っていれば、25万円−5万円−10万円＝10万円が控除額です。一方、総所得が180万円の人なら引く金額は180万円×5%＝9万円になるので、医療費が15万円なら15万円−9万円＝6万円が控除額になります。

対象になるのは、治療のための診療費や薬代、治療に必要な通院の公共交通機関の運賃などです。美容目的や健康増進のためのサプリメント、自家用車のガソリン代や駐車場代は対象になりません。何が対象かの細かい線引きは医療費控除の完全版でまとめています。

セルフメディケーション税制：対象医薬品が12,000円を超えた分

セルフメディケーション税制は、医療費控除の特例として設けられた制度で、対象として指定された市販薬の購入費が年間12,000円を超えた分を所得から差し引けます。上限は88,000円です。病院にはあまり行かないが、市販薬を家族分まとめて買っている、という人に向いています。

対象の医薬品かどうかは、パッケージの対象マークや、レシートに印字される表示で判断します。すべての市販薬が対象になるわけではないので、レシートを捨てずに残しておくことが出発点です。対象品目の最新情報は厚生労働省や国税庁の公開資料で確認してください。

もう1つの条件として、この制度を使う人は、その年に健康診断や予防接種などの「健康の保持増進や疾病の予防への一定の取組」を行っている必要があります。個人事業主なら自治体の健診や人間ドック、インフルエンザの予防接種などが該当します。証明する書類は提出不要ですが、明細書に記載した上で保管します。

併用はできない。どちらを選ぶか決める考え方

医療費控除とセルフメディケーション税制は、同じ年にどちらか一方しか使えません。一度選んで申告したあとに変更することもできないので、申告前に両方の控除額を計算して比べます。違いを表にまとめました。

項目	医療費控除	セルフメディケーション税制
対象になる支出	診療費・薬代（市販薬を含む）・通院の交通費など	対象の市販薬の購入費のみ
差し引く金額	10万円（総所得200万円未満は総所得の5%）	12,000円
控除額の上限	200万円	88,000円
その他の条件	なし	健診や予防接種など一定の取組
向いている人	通院・入院・出産などで支出が大きい年	病院には行かず、市販薬の支出が中心の年

計算例で比べてみます。1年の医療費の合計が12万円で、そのうち対象の市販薬が4万円だったとします。医療費控除なら12万円−10万円＝2万円。セルフメディケーション税制なら4万円−12,000円＝28,000円。この年はセルフメディケーション税制のほうが控除額は大きくなります。逆に、入院で医療費が30万円になった年は、医療費控除で30万円−10万円＝20万円となり、上限88,000円のセルフメディケーション税制より有利です。

どちらの制度も、控除額の分だけ課税される所得が減り、そこに税率をかけて税額が決まります。実際にいくら税金が減るかは所得の大きさで変わるので、税率の速算表は国税庁で確認してください。毎年1月に、家族の医療費のレシートと市販薬のレシートを2つの封筒に分けて集計し、両方の控除額を出してから選ぶと迷いません。

明細書の作り方と、領収書の扱い

医療費控除もセルフメディケーション税制も、明細書を作って申告書に添付します。領収書そのものは提出しませんが、申告後も一定期間は保管が必要で、税務署から求められたときに提示します。保管期間は国税庁の案内で確認してください。

• 医療費控除の明細書：医療を受けた人・病院や薬局の名前・医療費の区分・支払額・補てんされる金額を、支払先ごとにまとめて書く
• 健康保険の医療費通知を使う：加入している健康保険から届く「医療費のお知らせ」を添付すれば、その分の明細の記入を省略できる。ただし通知の対象期間が1年分に足りないことがあるので、不足分は領収書から追記する
• マイナポータル連携：医療費通知の情報を取り込んで申告書に反映できる仕組みがある。対象や手順は国税庁の案内で確認する
• セルフメディケーション税制の明細書：薬局名・医薬品名・支払額に加えて、健診などの取組の内容を記載する

家族分をまとめるときの考え方は、「生計を一にする家族の医療費を、実際に支払った人がまとめて申告する」です。二刀流で所得が大きいほうの人にまとめるほうが、控除の効果は出やすくなります。ただし5%の壁を使いたい場面では所得の少ない人に寄せたほうが有利なこともあるので、両方のパターンで計算して決めてください。e-Taxでの入力手順はe-Tax確定申告のやり方で解説しています。

個人事業主・一人社長ならではの注意点

最後に、この記事の読者だからこそ迷いやすい点を整理します。

• 自分の医療費は事業の経費にならない：事業用口座から払った場合は事業主貸として処理し、個人の所得控除として医療費控除で扱う。事業主貸の考え方は事業主貸が増えすぎると危険で触れています
• 法人の経費にもならない：役員個人の治療費を法人が負担すると、役員への給与として扱われる可能性がある。法人の口座から払わない
• 年末調整では処理できない：法人側の年末調整で医療費控除は受けられないため、二刀流の人は個人の確定申告で申告する。申告全体の組み立ては二刀流の確定申告はどうなる？にまとめています
• 5%の判定は合算後の総所得で見る：役員報酬と事業所得を合わせた総所得金額等が200万円未満かどうかで判定する
• 高額療養費などの給付は忘れずに引く：入院した年は、あとから戻った給付金を差し引いた金額で計算する

レシートは年の途中から分けて集計しておくと年明けが楽になります。年内に準備を終える段取りは確定申告の準備を年内に終わらせる逆算カレンダーで整理しています。

よくある質問（FAQ）

Q. 医療費が年間10万円に届きません。何も受けられませんか？

A. 総所得金額等が200万円未満なら、10万円ではなく総所得の5%を超えた分が医療費控除の対象になります。また、対象の市販薬の購入費が12,000円を超えていれば、セルフメディケーション税制を検討できます。

Q. 家族の医療費もまとめて申告できますか？

A. 生計を一にする配偶者や親族の医療費を実際に支払った人が、まとめて申告できます。誰にまとめるかで控除額が変わるので、所得の大きさと5%の壁の両方を考えて決めてください。

Q. 領収書は申告書に添付する必要がありますか？

A. 領収書の提出は不要で、代わりに明細書を添付します。ただし領収書は一定期間保管し、求められたときに提示できるようにしておいてください。保管期間は国税庁の案内で確認してください。

Q. 市販薬ならすべてセルフメディケーション税制の対象になりますか？

A. なりません。対象として指定された医薬品だけが対象で、パッケージの対象マークやレシートの表示で見分けます。迷ったら厚生労働省が公開している対象品目の一覧で確認してください。

Q. 個人事業主の自分の医療費を事業の経費にできますか？

A. できません。事業用口座から払った場合は事業主貸として処理し、個人の所得控除である医療費控除として申告します。法人の経費にすることも避けてください。

まとめ

医療費の控除は「10万円の壁」だけでなく、もう1つの壁ともう1つの制度を知っているかで結果が変わります。

• 医療費控除は、保険金等を引いた医療費から10万円（総所得200万円未満なら総所得の5%）を引いた分が対象で、上限は200万円
• セルフメディケーション税制は、対象の市販薬の購入費が12,000円を超えた分が対象で、上限は88,000円。健診などの取組が条件
• 2つは併用できないので、申告前に両方の控除額を計算して選ぶ
• 領収書は提出せず明細書を添付し、領収書は一定期間保管する
• 自分の医療費は事業の経費にも法人の経費にもならず、個人の確定申告で控除する

レシートを捨てないことと、年明けに両方の控除額を一度計算してみること。この2つだけで、医療費の控除は取りこぼしなく使えます。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。