「マイクロ法人にすると、毎年どんな税金がかかるの？」
「赤字でも払う税金があるって本当？」
「法人税・住民税・事業税、名前は似ているけど何が違うの？」

先に前提を共有します。ここで言うマイクロ法人とは、個人事業を本業として続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社（合同会社が主流、株式会社でも可）をもう一つ設立し、その役員報酬を低めに抑えることで社会保険料の負担を軽くする「マイクロ法人スキーム」の器として使う会社のことです。この仕組みで社会保険料は下げられますが、その代わりに法人ならではの税金という「維持費」が発生します。仕組みの全体像はマイクロ法人 社会保険料削減スキームの完全解説で解説しているので、損得を判断するうえでも先に押さえておくとよいです。

マイクロ法人の損得は、「社会保険料でいくら下がるか」だけでなく「法人になっていくら税金がかかるか」を差し引いて初めて見えてきます。私も設立前、この税金部分をきちんと把握できていなかったため、顧問税理士の先生に一覧で整理してもらって腹落ちしました。この記事でわかることは次のとおりです。

• マイクロ法人にかかる税金の全体像
• 法人税・地方法人税の考え方（利益に対して課税）
• 赤字でもかかる法人住民税の均等割（年7万円程度）
• 法人事業税の概要
• 「維持費」として見た年間の税負担の目安

マイクロ法人にかかる税金の全体像

まず、会社にかかる主な税金を一覧にします。大きく分けると、利益（所得）に応じてかかる税金と、赤字でも定額でかかる税金の2種類があります。

税金	かかり方	赤字のとき
法人税（国税）	会社の利益（所得）に対して課税	利益がなければかからない
地方法人税（国税）	法人税額に応じて課税	法人税がなければかからない
法人住民税（法人税割）	法人税額に応じて課税	法人税がなければかからない
法人住民税（均等割）	資本金・従業員規模に応じた定額	赤字でもかかる（年7万円程度）
法人事業税	会社の所得に対して課税	所得がなければ原則かからない

ポイントは、利益が出ない年でも「均等割」だけは必ずかかるという点です。マイクロ法人は利益を大きく残さない設計が多いので、実際にはこの均等割が税負担の中心になりやすい、という特徴があります。

法人税・地方法人税（利益に対して課税）

法人税は、会社の1年間の利益（所得）に対してかかる国税です。所得が大きいほど税額も増える仕組みで、中小法人には所得の一定額までに軽減された税率が用意されています。地方法人税は、その法人税額をもとに計算される国税で、法人税とセットで動くイメージです。

マイクロ法人スキームでは、役員報酬や必要経費を差し引いた結果、法人の利益をあまり大きく残さない設計にする人が多くいます。利益が小さければ法人税・地方法人税も小さく、利益がゼロなら基本的にかかりません。ただし「利益を残さない＝役員報酬を上げる」と社会保険料が増えるため、報酬と利益のバランスをどう取るかが設計の肝になります。役員報酬の水準は社会保険料と直結するので、税金だけを見て決めないよう注意が必要です。

赤字でもかかる｜法人住民税の均等割（年7万円程度）

マイクロ法人でいちばん意識しておきたいのが、法人住民税の均等割です。これは利益の有無に関係なく、会社が存在するだけで毎年かかる定額の税金です。都道府県分と市区町村分の合計で、資本金1,000万円以下・従業員が少ない小規模法人なら、年7万円程度が一般的な水準です（自治体によって多少差があります）。

「赤字なのに税金？」と驚く方もいますが、これは会社を持つことのいわば基本コストです。マイクロ法人は利益を大きく出さない設計が多いため、実務上はこの年7万円程度が毎年の固定的な負担になると考えておくと計算が合いやすくなります。休眠に近い状態でも、会社を残している限り均等割はかかるのが原則です（自治体によって免除の取り扱いが異なる場合はあります）。

この均等割を含め、会社を維持するのに毎年いくらかかるのか（税金以外の会計費用なども含めた総額）は合同会社の維持費で詳しくまとめているので、あわせて確認すると全体像がつかめます。

法人事業税の概要

法人事業税は、会社の所得に対して都道府県が課す地方税です。こちらも所得に応じてかかるため、利益がなければ原則として発生しません。マイクロ法人のように所得を小さく抑える設計では、事業税の負担も限定的になりやすいのが実情です。所得の規模や業種によって扱いが変わる部分もあるので、細かい点は申告時に確認しておくとよいでしょう。

「維持費」として見た年間の税負担の目安

これらをまとめると、マイクロ法人の税金は「所得に応じて増える部分」＋「赤字でも固定でかかる均等割（年7万円程度）」という構造で捉えられます。利益を大きく残さない典型的な設計なら、税金部分の中心は均等割の年7万円程度で、そこに所得が出た年だけ法人税などが乗る、というイメージです。

大切なのは、この税負担を「マイクロ法人スキームのコスト」として、社会保険料の削減効果と比べて判断することです。社会保険料でいくら下がるかは所得水準によって変わるため、削減できる社会保険料 ＞ 法人の維持費（均等割＋会計費用など）になって初めて、スキームとしての効果が出ます。売上がいくら以上あれば効果が見合うのかという損益分岐の考え方は売上は最低いくら必要？で扱っているので、判断の物差しとして役立ちます。

なお、これらの税金は毎年の決算・法人税申告を経て確定します。申告を自分でやるか専門家に任せるかは、負担感に直結する分かれ道です。判断材料は決算・申告は自分でできる？にまとめています。

個人の税金・社会保険料まで含めて考える

ここまでは「法人が払う税金」に絞って見てきましたが、マイクロ法人スキームの本当の損得は、個人側の負担まで含めた世帯全体で見ないと正確には測れません。法人を作ると、法人の税金（均等割など）に加えて、役員報酬に対する社会保険料や、社長個人の所得税・住民税もかかります。一方で、個人事業一本だったときの重い国民健康保険料は軽くなります。つまり、「増える負担（法人の維持費）」と「減る負担（社会保険料）」を並べて、差し引きでどうかを見るのが正しい判断のしかたです。法人の税金だけを見て「思ったより高い」と早合点したり、社会保険料の削減だけを見て「必ず得」と決めつけたりせず、両方を机の上に並べてから結論を出してください。私も設立前に、個人と法人の負担を一枚の紙に書き出して比べたことで、ようやく納得して踏み切れました。

よくある質問（FAQ）

Q. 赤字なら税金はゼロになりますか？

A. 法人税・事業税など「所得にかかる税金」は利益がなければかかりませんが、法人住民税の均等割（年7万円程度）は赤字でもかかります。会社を持っている限り、この固定費は見込んでおく必要があります。

Q. 均等割は必ず7万円ですか？

A. 資本金1,000万円以下・従業員が少ない小規模法人での一般的な目安が年7万円程度です。資本金や自治体によって金額は変わるため、正確な額はお住まいの都道府県・市区町村で確認してください。

Q. 休眠にすれば均等割はかからなくなりますか？

A. 事業を止めても会社が存在する限り、原則として均等割はかかります。ただし自治体によっては休眠中の減免を設けている場合があるため、扱いは各自治体に確認が必要です。

Q. 消費税はこの一覧に入っていませんが？

A. 消費税は、新設法人の免税やインボイス登録の有無で扱いが大きく変わるため、別のテーマとして整理するのが適切です。ここでは会社の利益や存在にかかる税金を中心にまとめています。

Q. 税金の計算は自分でできますか？

A. 取引が少なければ挑戦する人もいますが、法人税の申告は個人の確定申告より複雑です。均等割の見込みだけでも把握しておき、申告自体は費用対効果を見て専門家に任せる選択も現実的です。

まとめ：中心は「均等割の年7万円程度」

この記事の要点を整理します。

• 会社の税金は「所得にかかる分」と「赤字でもかかる均等割」に分かれる
• 法人税・地方法人税・事業税は利益がなければ基本的にかからない
• 法人住民税の均等割は赤字でも年7万円程度かかる（小規模法人の目安）
• 利益を残さない設計なら税負担の中心は均等割になりやすい
• 削減できる社会保険料と、この維持費を比べて損得を判断する

マイクロ法人の税金は、正しく分解すれば決して複雑ではありません。「毎年かかる均等割の年7万円程度」を固定費として押さえ、そのうえで社会保険料の削減効果と見比べれば、自分にとって効果があるかを冷静に判断できます。金額はいずれも目安なので、正確な数字はお住まいの自治体や顧問税理士に確認してください。

※本記事は2026年7月時点の法令・運用を前提とした、筆者個人の理解と顧問税理士から聞いた内容に基づくものです。実際の判断は、顧問税理士・各機関にご確認のうえご自身の責任でお進めください。