【2026年版】マイクロ法人でインデックス投資・投資信託・ETFは持てる？法人の含み益と期末時価評価の注意点

この記事の結論は次の3つです。

• マイクロ法人でもインデックス投資・投資信託・ETFは持てる。ただし法人には新NISAのような非課税枠がない
• 法人の有価証券は「売買目的」か「それ以外」かで期末の評価が変わる。売買目的なら売っていなくても含み益が利益に入る
• 長期の積立は、まず個人の非課税枠を使う。法人で持つのは、枠を超える部分や事業との損益通算を考えるときから

「個人のNISAではなく、法人でインデックス投資を積み立てたら税金は得になる？」
「法人で投資信託やETFを持つと、含み益にも税金がかかるって本当？」
「新NISAがある今、わざわざ法人で運用する意味はあるの？」

個人の新NISAが充実したことで、「では法人ではどうなのか」を気にする人が増えています。この記事は、その税や評価の扱いを一般論として整理するもので、個別の投資助言ではありません。どの商品をどれだけ積み立てるかといった判断は、ご自身の責任で、必要なら専門家に確認しながら進めてください。

はじめに前提をそろえます。この記事のマイクロ法人とは、個人事業などの収入を持つ人が、役員が自分ひとりだけの小さな会社（多くは合同会社、株式会社でも可）をもう一つ設け、役員報酬を低めに固定して社会保険料の負担を抑える――そのための器として使う法人を指します。基本の仕組みはマイクロ法人 社会保険料削減スキームの完全解説で解説しています。

まずは、ご自身の状況が下の表のどこに当たるかを確かめてください。

今の状況	考え方の目安	注意点
積立額が個人の新NISAの枠に収まる	個人の新NISAを優先	法人に置く理由は乏しい
新NISAの枠を使い切り、さらに積み立てたい	個人の特定口座と法人の両方を比べる	法人は決算での評価・仕訳の手間が増える
すでにマイクロ法人があり、法人に余剰資金がたまっている	法人での運用を検討してよい	保有目的の区分を取得時にはっきりさせる
事業の赤字と運用の損益をならしたい	法人の特徴が活きやすい	運用の失敗も法人の損益に直結する
運用のためだけに新しく法人を作りたい	慎重に。維持費と手間が先に出ていく	運用が事業として認められるかは別の論点

個人のNISA・特定口座と法人口座は何が根本的に違うのか

まず土俵の違いから押さえます。いちばん大きいのは、個人には非課税制度があり、法人にはないという点です。

論点	個人（NISA・特定口座）	法人口座
非課税制度	新NISAの非課税枠が使える	非課税枠はない
利益への課税	特定口座は他の所得と分けて課税（申告分離課税）	事業の利益と合算して法人税等
含み益（未売却）	原則、売るまで課税されない	売買目的の有価証券は期末に時価で評価する
損失の扱い	上場株式等の中で通算し、残った損失は翌年以後3年間繰り越せる	事業の損益と通算でき、青色申告の欠損金は10年繰り越せる
手間	源泉徴収ありの特定口座なら申告不要も選べる	決算での評価・仕訳が必要

この表からまず読み取ってほしいのは、長期の積立でコツコツ増やすインデックス投資は、非課税枠のある個人と相性が良いということです。それでも法人で運用する意味が出てくるのは、損益通算や繰越期間の長さなど、別の特徴を活かせるときに限られます。損失の繰越期間は、個人の上場株式等が国税庁 No.1474、法人の欠損金が国税庁 No.5762 で案内されています。

法人が持つ有価証券の「期末時価評価」という論点

個人の感覚といちばんズレやすいのが、この期末評価です。個人の特定口座では、含み益は売るまで課税されないのが原則です。ところが法人では、保有している有価証券の区分によって、期末（決算時）に時価で評価し直し、含み益・含み損を損益に反映させる扱いがあります。

「売買目的」か「それ以外」かで扱いが分かれる

法人税法61条の3では、期末に持っている有価証券を次の2つに分けています。

• 売買目的有価証券（短期的な価格の変動を利用して利益を得る目的で取得したもの）：期末に時価で評価し、評価益・評価損をその期の損益に入れる
• 売買目的外有価証券（それ以外のもの）：原則として帳簿価額のまま（原価法）で評価する

どちらに当たるかは、気分で決まるものではありません。国税庁の法人税基本通達では、売買を専門に担う部署で運用しているものや、取得した日に帳簿書類へ短期売買目的である旨を記載し、売買目的有価証券の勘定科目で区分したものなどが売買目的有価証券に当たると整理されています。また、通達の注書きでは、短期に大量の売買をしていても、その区分をしていなければ該当しないとされています。

含み益に課税されるケース・されないケースの目安

• 売買目的有価証券として区分したものは、売っていなくても期末の含み益が利益に入る
• 長期保有を前提とした売買目的外有価証券は、期末の時価評価の対象外が基本
• ただし、時価が大きく下がったときの評価損の扱いなど、細かい論点は別にある

ここが、法人でインデックスを積み立てる際の見落としポイントです。「売らずに長期で持つ」つもりなら、取得の時点で保有目的をはっきりさせ、帳簿の勘定科目もそれに合わせておくことが大切です。最初の購入の前に、顧問税理士や会計ソフトの設定で区分を確認しておくと、決算のときに迷いません。

法人で積立投資をするメリットが薄い場面・活きる場面

メリットが薄くなりやすい場面

• 運用額が個人の新NISA枠に収まる規模である
• 長期・ほったらかしのインデックス積立が中心である
• 近いうちに個人の生活費として使う予定がある（法人のお金を個人に移すには、役員報酬や配当など別の手続きと課税が必要）

特に、非課税枠に収まる範囲なら、わざわざ課税される法人に資産を置く必要性は乏しい、というのが素直な見方です。

活きる場面

• 事業の損益と運用の損益を通算して「ならしたい」
• 法人に余剰資金がたまり、個人に移さずに置いておきたい
• すでに社会保険の器としてマイクロ法人があり、追加の維持費が発生しない

すでにマイクロ法人を持っている場合、均等割や決算費用は運用のための追加コストにはなりません。その意味で、ゼロから運用目的の法人を作るのと、既存の法人で運用するのは、まったく別の判断になります。損益分岐の全体像はマイクロ法人で資産運用はいくらから得かで数字の枠組みを示しています。

個人の新NISAと法人運用の使い分け

結論としては、まず個人の新NISAの非課税枠を活かし、その枠を超える部分や、事業との損益通算を狙える部分を法人で考えるという順番が、多くの人にとって現実的です。「法人にすれば運用益の負担がまるごと減る」という説明は誇張になりがちなので、距離を置いた方が安全です。

そもそも運用そのものを法人の主たる事業に据えられるかは、事業性の別論点になります。この点は株・FX・仮想通貨は事業になる？で整理しています。高配当株を法人で持つ場合の受取配当金の扱いはマイクロ法人で高配当株を持つと税金はどうなる？が参考になります。

法人に置いたお金の「出口」を先に考える

見落とされやすいのが、法人で増やしたお金を最終的にどう使うかです。法人の口座にある資金は、社長個人のお金ではありません。個人の生活費や老後資金に回すには、次のような形を通る必要があり、それぞれに課税や社会保険料の論点があります。

• 役員報酬を上げる：所得税・住民税に加えて社会保険料も増えるため、マイクロ法人の「報酬を低く固定する」設計と正面からぶつかる
• 配当として受け取る：法人税を払ったあとの利益から出すため、個人側でも配当として課税される
• 役員退職金として受け取る：将来の出口として検討されることが多いが、金額の妥当性や支給の手続きを整える必要がある

つまり、法人で運用益が出ても、それを個人の手元に移す段階でもう一度課税の場面がある、ということです。個人の新NISAなら、非課税で増えたお金をそのまま生活費に使えます。「どこで増やすか」と同じくらい「どこで使うか」が大事で、使う予定のお金は個人で、法人の事業や将来の投資に回すお金は法人で、と分けて考えると判断しやすくなります。

次にやること：法人の帳簿への付け方

法人で投資信託やETFを買うと決めたら、最初の取引から次の形で帳簿に残します。勘定科目の名前は会計ソフトの初期設定に合わせ、毎期同じものを使い続けることが大切です。

場面	仕訳の例（借方／貸方）	残す書類
長期保有の目的で購入した	投資有価証券／普通預金	取引報告書、保有目的を書いたメモ
短期売買の目的で購入した	売買目的有価証券／普通預金（取得日に区分）	取引報告書、区分を記載した帳簿
分配金・配当金を受け取った	普通預金／受取配当金（源泉徴収された税額は別に記録）	分配金・配当金の支払通知書
売却した	普通預金／投資有価証券・有価証券売却益（損が出たら売却損）	取引報告書、年間取引報告書
決算	売買目的有価証券だけ時価との差額を評価損益に計上	期末の残高証明書や時価がわかる資料

ポイントは2つです。1つ目は、購入の時点で区分を決めて記録すること。あとから都合よく区分を変えるのは認められにくいと考えておきましょう。2つ目は、源泉徴収された税額を記録しておくこと。法人の申告で精算の対象になる場合があるため、支払通知書や年間取引報告書は保存しておきます。申告の全体像はマイクロ法人の確定申告を自分でやる方法で、法人で使う会計ソフトの選び方は法人化したら会計ソフトはどうする？で確認できます。

よくある質問（FAQ）

Q. 法人でインデックス投資をすると、含み益に毎年課税されますか？

A. 保有の区分によります。売買目的有価証券として区分したものは期末に時価で評価し、評価益が利益に入ります。長期保有を前提とした売買目的外有価証券は、原則として帳簿価額のまま評価します。区分は取得の時点で帳簿に記録しておくことが大切です。

Q. 個人の新NISAと法人運用、どちらを優先すべきですか？

A. 一般論として、非課税枠のある個人の新NISAを先に活かし、その枠を超える部分や事業との損益通算を狙える部分を法人で考えるのが現実的です。長期のインデックス積立は非課税枠と相性が良いとされます。

Q. 法人で投資信託を持つと、個人の特定口座より手間は増えますか？

A. 増えます。購入・分配金・売却のたびに仕訳が必要で、決算では保有区分に応じた評価も確認します。個人の源泉徴収ありの特定口座のように、申告をせずに済ませることはできません。取引や保有が多いほど記帳の負担も増えます。

Q. すでにマイクロ法人があるなら、運用も法人でやるべきですか？

A. 追加の維持費がかからない分ハードルは下がりますが、個人の非課税枠を使い切っているか、決算の手間をどう見るか、法人のお金をいずれ個人に移すときの課税をどう考えるかで結論が変わります。「すでにあるから」だけを理由にせず、目的と手間を並べて考えてください。

Q. ETFと投資信託で法人の扱いは変わりますか？

A. どちらも有価証券として、保有目的の区分に沿って扱われます。一方で、商品によって法人口座で買えるかどうかや、手数料の体系が異なる場合があります。買いたい商品が法人口座で扱えるかを、証券会社に事前に確認してください。

まとめ：長期インデックスは個人の非課税枠と相性が良い

• 個人には新NISAの非課税枠があり、法人にはない。長期のインデックス積立は個人と相性が良い
• 法人の有価証券は、売買目的なら期末に時価評価、売買目的外なら原則として帳簿価額のまま
• 区分は取得日に帳簿で決める。あとから都合よく変えられると考えない
• 法人運用が活きるのは、損益通算・欠損金の繰越・既存法人の活用など、非課税枠以外の強みを使えるとき
• まず個人の非課税枠を活かし、超える部分を法人で考える順番が現実的

投資信託やETFを法人で持つ話は、「非課税になるかどうか」ではなく、「期末評価の扱い」と「非課税枠を先に使ったか」で見え方が変わります。繰り返しになりますが、本記事は制度の一般的な説明であり、投資判断はご自身の責任で行ってください。保有区分の判断など専門的な部分は、税理士など専門家への事前確認をおすすめします。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の案内や税理士などの専門家にご確認ください。