【2026年版】フリーランスの会計ソフトの選び方｜エンジニア・デザイナー・ライターが確認すること

「請求書は別のツールで作っていて、会計ソフトに毎回入力し直している」
「報酬から源泉徴収された分を、どう記帳すればいいのか分からない」
「クラウドソーシングの報酬は、手数料が引かれた後の金額しか把握していない」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

エンジニアやデザイナー、ライターなど、仕事を受けて報酬をもらうフリーランスの記帳は、取引の流れがはっきりしています。請求書を出す、入金を待つ、入金を確認するの繰り返しです。ところが、源泉徴収やクラウドソーシングの手数料が絡むと、入金額と請求額が合わなくなり、そこで記帳が止まりがちです。この記事では次の4点を整理します。

• 請求書の発行から入金の消し込みまでを一続きにする考え方
• 源泉徴収された報酬の記録のしかた
• クラウドソーシングの明細の扱い方
• フリーランスが会計ソフトで確認すべきポイント

請求から入金の消し込みまでを一続きにする

フリーランスの売上は、請求書を出した時点で計上し、入金されるまでは売掛金として残しておくのが基本です。入金があったら、どの請求書の分かを確認して売掛金を消します。この作業を消し込みと呼びます。

請求書を別のツールで作り、会計ソフトには後から手で入力している場合、転記の手間がかかるうえに、入力漏れや金額の打ち間違いが起きやすくなります。取引先が多くなるほど、どの請求がまだ入金されていないのかを把握するのも難しくなります。

そこで確認したいのが、請求書を作ると売上と売掛金が自動で記帳され、入金の明細と照らし合わせて消し込めるかという点です。請求書の発行と会計がひと続きになっていれば、入金の遅れにもすぐ気づけます。請求書を作る道具そのものの比べ方は請求書作成サービス比較で整理しています。

源泉徴収された報酬は「差し引かれる前の金額」で売上にする

デザインや原稿料、講演料などの報酬は、支払う側が所得税を源泉徴収して、差し引いた残りを振り込むことがあります。このとき、売上は源泉徴収される前の報酬の額で計上し、差し引かれた税額は別に記録しておきます。

差し引かれた税額は、いわば前もって納めた所得税です。確定申告で1年間の所得税を計算し、源泉徴収された分と精算します。源泉徴収された金額の合計を把握していないと、この精算ができず、納めすぎた税金が戻ってこない、ということにもなりかねません。

取引先から支払調書が届くこともありますが、届かない場合もあります。自分の請求書と入金の記録から、源泉徴収された額を拾えるようにしておくのが確実です。請求書に源泉徴収の欄を設けられるか、入金時に源泉徴収分を分けて記帳しやすいかは、会計ソフトを選ぶときの大事な確認点です。

クラウドソーシングの明細は手数料を分けて記帳する

クラウドソーシングで仕事を受けている場合、報酬からサービスの手数料が差し引かれ、残りが出金の申請などを経て口座に振り込まれます。入金額だけを売上にすると、売上も経費も実際より小さく記録されてしまいます。

基本は、報酬の総額を売上に、差し引かれた手数料を経費に分けることです。サービスの管理画面で、案件ごとの報酬と手数料、出金の履歴を確認できることが多いので、月ごとに明細を見て記帳します。報酬が確定した時点と出金した時点がずれるので、確定した報酬は売掛金として扱い、出金されたら消し込みます。

ライターの報酬やクラウドソーシングの収入の税金の考え方は、クラウドソーシング・ライター収入の税金で詳しくまとめています。記帳の前に全体像をつかんでおくと迷いが減ります。

フリーランスが会計ソフトで確認すべきポイント

マネーフォワード クラウド、freee、弥生など、フリーランスが使いやすい会計ソフトはいくつもあります。ここでは製品の優劣ではなく、仕事を受けて報酬をもらう立場で確認しておきたいポイントを表にしました。料金とプランは各社の公式サイトで確認してください。

確認ポイント	なぜ大事か	どう確かめるか
請求書の発行から売上の記帳までつながるか	転記の手間と入力漏れがなくなる	無料の登録後に請求書を1枚作り、仕訳が自動でできるかを見る
入金の明細と請求を照らし合わせて消し込めるか	未入金の請求にすぐ気づける	口座の明細を取り込み、請求との照合画面を確認する
源泉徴収の欄がある請求書を作れるか	源泉徴収される報酬では、請求額と入金額が一致しない	請求書の作成画面で源泉徴収の設定があるかを見る
源泉徴収された税額の合計を確認できるか	確定申告で精算するときに合計額が必要になる	申告書の作成画面で、源泉徴収税額がどこに反映されるかを確認する
適格請求書の記載に対応しているか	取引先から登録番号などの記載を求められることがある	請求書の設定項目と、各社の公式サイトの案内を確認する

各製品の特徴や向いている人は、会計ソフトおすすめ10選で紹介しています。表のポイントを持って読むと、自分の働き方に合うものを絞り込みやすくなります。

迷ったら1つ無料で登録して、取引を3件入れてみる

フリーランスの記帳は、請求から入金までの流れを実際に通してみると相性がすぐにわかります。気になるソフトを1つ無料で登録し、自分の取引を3件入れてみるのがおすすめです。

選ぶ取引は、請求書を1枚作ること、その入金の消し込み、仕事で使うソフトの利用料のような経費の支払い1件の3つにすると、フリーランスの基本の流れをひととおり試せます。源泉徴収される仕事がある人は、請求書に源泉徴収の欄を入れて試してみてください。

職種で変わる記帳のポイント

同じフリーランスでも、職種によって注意したい点は少しずつ違います。

• エンジニア：月ごとの契約で請求が定型になりやすい。毎月同じ請求書を作れる機能があると楽になる
• デザイナー・イラストレーター：案件ごとに金額が変わり、源泉徴収される報酬が多い。源泉徴収の管理を重視したい
• ライター：少額の案件が多く、クラウドソーシングの比重が高い人も多い。明細の取り込みと手数料の扱いがポイント

独立したばかりの頃は、請求書と会計を別々に管理していて、入金の確認が月末にまとめてになりがちです。請求と記帳をひと続きにすると、未入金の請求に早く気づけるようになり、取引先への確認もしやすくなります。

よくある質問（FAQ）

Q. 源泉徴収された報酬は、入金額を売上にしてもいいですか？

A. 売上は源泉徴収される前の報酬の額で計上し、差し引かれた税額は別に記録します。差し引かれた税額は確定申告で精算するので、合計を把握しておくことが大切です。

Q. 支払調書が届かない取引先の分はどうすればいいですか？

A. 支払調書がなくても確定申告はできます。自分の請求書と入金の記録から、報酬の額と源泉徴収された額を拾って申告してください。普段から記録を残しておけば困りません。

Q. 請求書作成のツールと会計ソフトは同じ会社のものにすべきですか？

A. 同じ会社のものにそろえると連携しやすい場合がありますが、別々でも運用はできます。請求書の情報が会計ソフトにどう取り込まれるかを、試用の段階で確かめてから決めるのが無難です。

Q. クラウドソーシングの報酬は、出金した日の売上ですか？

A. 報酬が確定した時点で売上に計上し、出金されるまでは売掛金として扱うのが基本です。年末に確定して年明けに出金した報酬は、確定した年の売上になる点に注意してください。

Q. 仕事で使うパソコンやソフトの利用料も会計ソフトで管理できますか？

A. できます。ソフトの利用料のような毎月の支払いは経費として記帳し、パソコンのように長く使うものは金額によって資産として扱います。私用と兼ねている場合は、使う割合で按分してください。

まとめ

フリーランスの会計ソフト選びで押さえておきたい点を整理します。

• 請求書の発行から入金の消し込みまで、ひと続きにできるかを確認する
• 源泉徴収された報酬は、差し引かれる前の額で売上にし、税額は別に記録する
• クラウドソーシングは、報酬の総額を売上に、手数料を経費に分ける
• 職種によって、定型の請求・源泉徴収・明細の取り込みなど重視する点が変わる
• 迷ったら1つ無料で登録し、請求・消し込み・経費の3件を入れて相性を確かめる

フリーランスの記帳は、請求と入金の流れさえ整えば、あとは毎月の確認が中心になります。自分の仕事の流れに合う道具を選んで、確定申告の時期に慌てない仕組みを作ってください。

※本記事は2026年9月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。