【2026年版】個人事業主のふるさと納税はワンストップ特例が使えない｜確定申告書の寄附金控除の書き方

「ワンストップ特例の書類を出したから、確定申告には書かなくていいと思っていた」
「寄附先が多くて、受領証明書が全部そろっているか分からない」
「申告書のどの欄に、いくらと書けばいいのか毎年迷う」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

会社員なら、ふるさと納税はワンストップ特例の書類を自治体へ送れば手続きが終わります。ところが、個人事業主や、法人の役員報酬と個人事業の所得を両方持つ二刀流の人は、もともと確定申告をするため、この特例を使えません。ふるさと納税そのものの仕組みはふるさと納税 完全ガイドにまとめていますので、この記事では「確定申告をする人がどう書くか」に絞ります。扱うのは次の4点です。

• 確定申告をする人がワンストップ特例を使えない理由と、申請書を出してしまった場合の扱い
• 寄附金受領証明書と電子データの使い分け（表）
• 確定申告書の寄附金控除の書き方（手順）
• 上限額の確認方法と、住民税側の控除の見え方

確定申告をする人はワンストップ特例を使えない

ワンストップ特例は、確定申告をしなくて済む給与所得者などのために、寄附先の自治体が本人に代わって住民税の控除を手続きしてくれる仕組みです。前提が「確定申告をしない」ことなので、確定申告をする人はこの特例の対象から外れます。

個人事業主は事業所得を申告するために毎年確定申告をしますし、マイクロ法人の役員報酬と個人事業を両方持つ二刀流の人も同じです。つまり、当サイトの読者の多くは、ふるさと納税をしたら申告書の寄附金控除の欄に、その年の寄附を全件書くことになります。

確定申告で寄附金控除を書けば、所得税と住民税の両方の控除がまとめて処理されます。ワンストップ特例が使えないことで損をするわけではなく、手続きの入口が「自治体に書類を送る」から「申告書に書く」に変わるだけです。自己負担2,000円を除いた分が控除されるという本来の仕組みは、どちらの入口でも変わりません。

年の途中から個人事業を始めた人に多いのが、「寄附のたびにワンストップ特例の申請書を送っていたが、結局確定申告をすることになった」というケースです。この場合、先に出した特例の申請は効力を失い、確定申告の内容だけが有効になります。自治体に取り下げの連絡は不要ですが、申告書には特例を申請した分も含めて、その年の寄附を全件書く必要があります。「特例の書類を出した寄附は書かなくていい」と思い込んで一部を書き漏らすと、その分の控除がまるごと受けられなくなります。

申告書に書く前にそろえる書類：受領証明書と電子データ

寄附金控除を申告するには、寄附をしたことの証明が必要です。証明のしかたには大きく2通りあります。

項目	寄附金受領証明書（紙）	寄附金控除に関する証明書（電子データ）
発行元	寄附先の自治体ごと	利用したポータルサイト（発行に対応している事業者）
届く形	返礼品とは別に郵送で届くことが多い	会員ページなどから取得（対応の有無と手順は各社の案内で確認）
まとめ方	自治体の数だけ1枚ずつ	1年分を1つのデータにまとめられる
申告書への反映	金額を自分で入力する	読み込ませて入力の手間を減らせる場合がある
向いている人	寄附先が少ない・紙で管理したい	寄附先が多い・ポータルを1つにまとめている

電子データの証明書は、ポータルサイトごとに発行の可否や手順が異なります。利用しているポータルの案内で「寄附金控除に関する証明書」の発行に対応しているかを確認してください。複数のポータルを使った年はポータルごとに証明書を取る必要があり、紙と電子データが混在しても構いません。

寄附先が増えてくると紙の証明書の管理が煩雑になり、電子データでまとめたほうが申告作業はかなり楽になります。

確定申告書の寄附金控除の書き方

書類がそろったら、申告書に寄附金控除を書いていきます。手順は次のとおりです。

• 1年分の寄附を一覧にする：寄附日・自治体名・金額を並べ、受領証明書や電子データと突き合わせる
• 寄附金額の合計を出す：複数のポータルや現金での寄附があれば、すべて合算する
• 所得税側の「寄附金控除」の欄に書く：合計額から自己負担の2,000円を引いた金額が基本。控除額には所得に応じた上限があるので、計算の詳細は国税庁の手引きで確認する
• 「住民税に関する事項」の欄にも書く：都道府県・市区町村への寄附金として合計額を記入する。ここを忘れると住民税側の控除が反映されない
• 寄附先の内訳を書く：自治体名と金額を内訳として記載する

e-Taxや会計ソフトの申告書作成画面を使う場合は、案内に沿って寄附の内容を入力すると、これらの欄に振り分けられる作りになっているものが多いです。ただし、住民税側の欄に反映されているかは、送信前に目で確認してください。e-Taxの操作の流れはe-Tax確定申告のやり方で説明しています。

紙の受領証明書は、e-Taxなら提出を省略できる取り扱いがありますが、一定期間の保管は求められます。書面提出なら添付が必要なので、原本をなくさないようにしてください。

上限額と、住民税側の控除がどう反映されるか

ふるさと納税で自己負担2,000円に収まる上限額は、その年の所得や控除の内容で決まります。個人事業主は12月が終わるまで所得が確定しないため、会社員より見込みが立てにくいのが実情です。上限額は各ポータルのシミュレーターで試算し、事業所得の見込みに幅を持たせて控えめに寄附しておくのが現実的です。

控除の反映は2段階で見えます。所得税側は確定申告の計算の中で反映され、還付や納付額に織り込まれます。住民税側は、申告内容が自治体に流れたあと、翌年度の住民税から差し引かれる形で反映されます。個人事業主の住民税は普通徴収が多いので、例年6月ごろに届く住民税の決定通知書で、寄附金税額控除の欄に金額が入っているかを確認してください。

「思ったより控除が少ない」と感じたら、上限超えか、住民税に関する事項の欄の書き忘れが考えられます。申告内容が住民税にどう流れるかは副収入が増えたら住民税はどう動く？で整理しています。

二刀流の社長は役員報酬の低さが上限に効く

マイクロ法人の役員報酬を低く設定している人は、その分だけふるさと納税の上限額も小さくなります。上限は住民税の所得割をもとに決まるため、報酬を絞るほど枠は縮む仕組みです。「会社員時代と同じ感覚で寄附をしたら上限を超えていた」という失敗は、二刀流に切り替えた1年目に起きやすいものです。

法人からの役員報酬と個人事業の所得を合わせて考える上限の見方はマイクロ法人社長のふるさと納税で詳しく扱っています。また、寄附の一覧づくりを含めて、確定申告の準備を年内に終えておく段取りは確定申告の準備を年内に終わらせる逆算カレンダーにまとめています。寄附の一覧は、受領証明書が届きそろう12月のうちに作っておくのがいちばん楽です。

よくある質問（FAQ）

Q. ワンストップ特例の申請書をすでに送ってしまいました。取り消しの手続きは必要ですか？

A. 取り消しの連絡は不要です。確定申告をすると特例の申請は効力を失い、申告書の内容だけが有効になります。そのかわり、特例を申請した寄附も含めて、その年の寄附を全件申告書に書いてください。

Q. 寄附金受領証明書をなくしてしまいました。どうすればいいですか？

A. 寄附先の自治体に再発行を依頼できるのが一般的です。ポータルサイトが電子データの証明書を発行していれば、そちらを使う方法もあります。再発行には時間がかかることがあるので、3月15日から逆算して早めに動いてください。

Q. 複数のポータルサイトを使いました。証明書は1つにまとめられますか？

A. 電子データの証明書はポータルごとに発行されるため、使ったポータルの数だけ取得することになります。紙と電子データが混在しても申告はできます。

Q. 上限額を超えて寄附してしまった場合、申告はどうなりますか？

A. 超えた分は控除の対象にならず、そのまま自己負担になるだけです。申告の手順自体は変わらないので、その年の寄附は全件そのまま書いてください。上限の試算は各ポータルのシミュレーターで確認できます。

Q. 住民税側の控除が反映されているかは、どこで確認できますか？

A. 翌年度の住民税の決定通知書にある寄附金税額控除の欄で確認できます。空欄や想定より少ない場合は、申告書の「住民税に関する事項」の記入漏れや上限超えが考えられるので、自治体に問い合わせてください。

まとめ

個人事業主と二刀流の社長のふるさと納税は、「ワンストップ特例は使えない」と割り切って、申告書に書く段取りを整えるのが近道です。

• 確定申告をする人はワンストップ特例の対象外。申請書を出していても効力を失い、申告書の内容だけが有効になる
• その年の寄附は、特例を申請した分も含めて全件を申告書に書く
• 証明は紙の受領証明書か、ポータル発行の電子データ。対応状況は各社の案内で確認する
• 所得税側の寄附金控除と「住民税に関する事項」の両方に書く。片方だけだと控除が抜ける
• 上限額はシミュレーターで控えめに試算し、翌年度の住民税の通知書で反映を確認する

寄附の一覧を12月のうちに作っておけば、申告書の寄附金控除の欄は数分で埋まります。年に一度のことだからこそ、型を決めておくと迷いません。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。