【2026年版】個人事業主の消費税の確定申告｜3月31日期限、2割特例・簡易課税・本則の選び方と初めての申告の流れ

「所得税の確定申告は終わったのに、消費税は別に申告が要ると聞いて焦っている」
「インボイス登録をして課税事業者になったけど、初めての消費税の申告で何をすればいいのかわからない」
「2割特例が終わると聞いた。来年からどう計算すればいいの？」

先に前提を整理します。当サイトで言うマイクロ法人とは、個人事業を続けながら、役員が自分ひとりだけの小さな会社を別に持ち、役員報酬を低く設定して社会保険料を抑える運用を指します。仕組みの全体像はマイクロ法人の社会保険料削減スキーム完全ガイドで解説しています。

個人事業主の消費税の確定申告は、所得税と同じ春の作業でありながら、期限も申告書も計算方法も別物です。しかも計算方法は2割特例・簡易課税・本則課税の3つから選ぶ形で、どれを使うかで納付額も手間も変わります。初めて課税事業者になった人が流れをつかめるように、この記事では次の4点を扱います。

• 消費税の確定申告は3月31日期限で、所得税とは別の手続き
• 課税事業者になった年の初回申告の流れ
• 2割特例・簡易課税・本則課税の違いと選び方（表）
• 2割特例は令和8年分が最後＝来年以降の選択と簡易課税の届出期限

消費税の確定申告は3月31日、所得税とは別の手続き

個人事業主の所得税の確定申告・納付期限は3月15日ですが、個人の消費税は3月31日が申告・納付の期限です。期限が違うだけでなく、申告書そのものも別で、所得税の申告書に消費税の欄があるわけではありません。会計ソフトで続けて作れる場合でも、提出は別々に行います。

そもそも消費税の申告が必要なのは課税事業者だけです。判定の基本は、基準期間（その年の前々年）の課税売上高が1,000万円を超えるかどうかで、超えていなければ原則として免税事業者となり、申告も納付もありません。ただし、インボイス制度で適格請求書発行事業者の登録をした人は、売上の規模にかかわらず課税事業者になります。免税だった人が課税事業者に変わる入口は、この2つが大半です。

納付方法は所得税と同じく、振替納税・ダイレクト納付・納付書などから選べます。所得税と消費税で納付の時期がずれるので、資金の準備も分けて考える必要があります。1年の支払いの流れは個人事業主の税金はいつ払う？1年の納付カレンダーで整理しています。

課税事業者になった年の初回申告の流れ

初めて消費税の申告をする年は、次の順番で進めると迷いません。

• 自分が課税事業者になった理由を確認する：基準期間の売上が1,000万円を超えたのか、インボイス登録をしたのか。どちらかで使える計算方法が変わる
• 計算方法を決める：2割特例・簡易課税・本則課税のどれで計算するか。簡易課税は事前の届出が必要なので、届出の有無を確認する
• 会計ソフトの消費税設定を合わせる：課税事業者であること、計算方法、税込か税抜かの処理を年の初めから設定しておく。途中で変えると集計がずれる
• 売上と仕入・経費の消費税区分を整える：本則課税なら、仕入先がインボイス登録事業者かどうかで扱いが変わるため、請求書の区分が重要になる
• 申告書を作って提出する：一般用と簡易課税用で申告書の様式が違う。2割特例は申告書に適用する旨を記載して使う
• 3月31日までに納付する：所得税の3月15日とは別に、納付の予定を立てておく

初回でつまずきやすいのは、年の初めに会計ソフトの設定を「免税事業者」のままにしていて、年末に消費税区分を一から付け直すことになるケースです。課税事業者になったとわかった時点で、設定だけは先に直しておきましょう。e-Taxでの提出の流れはe-Tax確定申告のやり方を参考にしてください。

2割特例・簡易課税・本則課税の違いと選び方

3つの計算方法を一覧にすると次のとおりです（令和9年分・令和10年分は、個人事業者向けの3割特例も加わります）。

計算方法	使える人	計算のしかた	事前の届出
2割特例	インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった人（令和8年9月30日の属する課税期間まで）	売上にかかった消費税をもとに、その2割相当を納付額とする	不要。申告書に適用する旨を書く
簡易課税	基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税事業者	売上にかかった消費税に、業種ごとに決まった割合をかけて仕入分の消費税とみなし、差額を納める	必要。原則として適用を受けたい年の前年末までに届出（2割特例・3割特例を使った翌年から移る場合は、その年分の申告期限まで）
本則課税（一般課税）	すべての課税事業者	売上にかかった消費税から、仕入・経費で実際に払った消費税を引いて納める	不要（簡易課税をやめる場合は届出が必要）
3割特例（令和9年分・令和10年分）	インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業者（法人は対象外。基準期間の課税売上高1,000万円以下などの要件あり）	売上にかかった消費税をもとに、その3割相当を納付額とする	不要（申告時に選択）

選び方の考え方はシンプルです。2割特例が使える間は、多くの小規模事業者にとって手間と納付額の両面で有利になりやすく、まずこれを検討します。使えない場合や終了後は、仕入や経費の消費税が少ない業種（サービス業・コンサルティングなど）は簡易課税が、設備投資や仕入が多い業種は本則課税が有利になりやすい、というのが大まかな傾向です。

ただし、簡易課税の業種ごとの割合は国税庁で確認し、自分の売上と経費の実績で両方を試算してから決めてください。選択の判断材料は原則課税と簡易課税で詳しく比較しています。

本則課税は仕入先ごとにインボイスの有無を確認する手間が想像以上に重く、経費の少ない業態なら簡易課税のほうが日々の処理がずっと軽くなります。

2割特例は令和8年分が最後、来年以降の選択を今から考える

2割特例は、令和8年9月30日の属する課税期間までの経過措置です。個人事業主の課税期間は1月から12月なので、令和8年分（2026年分）の申告が最後になります。つまり、2027年3月31日までに行う申告では2割特例を使えます。令和9年分からは簡易課税・本則課税に加えて、インボイス登録を機に課税事業者になった個人事業者なら、令和9年分・令和10年分に限り「3割特例」（売上にかかった消費税の3割を納付額とする）も選べます（基準期間の課税売上高が1,000万円以下などの要件あり）。

ここで気になるのが簡易課税の届出のタイミングです。簡易課税を使うには、原則として適用を受けたい年の前年末までに簡易課税制度選択届出書を出す必要があります。ただし国税庁の案内では、2割特例・3割特例を使った年の翌年から簡易課税にする場合は、その適用を受けたい年分の申告期限までに届出を出せば、その年から簡易課税を使えるとされています。たとえば令和8年分で2割特例を使った人が令和9年分から簡易課税にしたいなら、令和9年分の申告期限（原則2028年3月31日）までの届出で間に合います。とはいえ、年の初めに計算方法が決まっていないと会計ソフトの設定や記帳の区分がぶれやすいので、早めに決めておくと安心です。

2割特例を使っている人が早めに決めておきたいことは次の3つです。

• 令和9年以降も課税事業者を続けるか：インボイス登録を続けるかどうかの判断。取引先との関係で決まることが多い
• 3割特例・簡易課税・本則課税のどれにするか：今年の売上と経費の実績で試算する（3割特例は使える人だけ）
• 簡易課税にするなら届出の期限を確認：原則は前年末まで。2割特例を使った翌年から移るなら、その年分の申告期限まで。e-Taxで提出できる。一度選ぶと一定期間は変更できないので、期間の扱いは国税庁で確認する

届出の重要性と手順は簡易課税・2割特例・一般課税の選び方でも解説しています。年内に決めるべきことを確定申告の準備と一緒に片づける段取りは確定申告の準備を年内に終わらせる逆算カレンダーにまとめているので、あわせて確認してください。

申告後に確認しておくこと

消費税の申告を一度すると、翌年以降は前年の納付額によって中間申告が加わることがあります。対象になると税務署から案内が届くので、見落とさないようにしましょう。

また、消費税は所得税と違って、赤字の年でも売上に消費税が乗っていれば納付が出ます。「利益が出ていないから消費税もない」とは限らない点を押さえておくと、資金の準備で慌てずに済みます。売上の入金時に消費税分を別口座に移しておく運用は、個人事業主でも有効です。

よくある質問（FAQ）

Q. 所得税の確定申告をe-Taxで出せば、消費税の申告も済んだことになりますか？

A. なりません。消費税の申告書は所得税とは別の書類で、別に提出が必要です。期限も所得税の3月15日に対して消費税は3月31日と異なります。

Q. 売上が1,000万円以下なら消費税の申告はいりませんか？

A. 基準期間の課税売上高が1,000万円以下で、インボイス登録もしていなければ原則として免税事業者で、申告はいりません。ただし、インボイス登録をした人は売上の規模にかかわらず課税事業者なので申告が必要です。

Q. 2割特例は届出をしないと使えませんか？

A. 事前の届出は不要で、申告書に適用する旨を記載して使います。ただし使えるのはインボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった人で、令和8年9月30日の属する課税期間までです。個人なら令和8年分の申告が最後になります。

Q. 簡易課税の届出を出し忘れました。今年分から使えますか？

A. 簡易課税は適用を受けたい年の前年末までの届出が原則なので、年が明けてからの届出では今年分には間に合いません。今年分は本則課税（または使えるなら2割特例・3割特例）で計算し、来年分から簡易課税にするなら今年の12月31日までに届出をしてください。なお、前年に2割特例・3割特例を使っていた人は、今年分の申告期限までに届出をすれば今年分から簡易課税を使える移行措置があります。

Q. 赤字なのに消費税の納付が出るのはなぜですか？

A. 消費税は利益ではなく、売上として預かった消費税と仕入・経費で払った消費税の差額をもとに計算するからです。経費のうち消費税がかからないもの（給料など）が多いと、赤字でも納付が出ることがあります。

まとめ

個人事業主の消費税の確定申告は、所得税と切り離して段取りを組むのがいちばんの近道です。

• 個人の消費税の申告・納付期限は3月31日で、所得税の3月15日とは別の手続き
• 課税事業者になったら、年の初めに会計ソフトの設定と計算方法を決めておく
• 2割特例・簡易課税・本則課税は、手間と納付額を自分の実績で試算して選ぶ
• 2割特例は令和8年分（2026年分）が最後。令和9年分・令和10年分は、要件を満たす個人事業者なら3割特例も選べる
• 簡易課税は原則、適用したい年の前年末までに届出。2割特例・3割特例を使った翌年から移るなら、その年分の申告期限まで

消費税は「申告の年」ではなく「届出の年」に勝負が決まります。2割特例の終わりが見えている今のうちに、来年の計算方法まで決めておきましょう。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の最新の案内および顧問税理士にご確認のうえご自身の責任でお進めください。