「マイクロ法人を作ったら、消費税も払うことになるの？」
「インボイス登録はしたほうがいいの、しないほうがいいの？」
「二刀流だと、個人事業と法人でどう考えればいいの？」

最初に土台を共有します。この記事のマイクロ法人とは、個人事業と並行して、自分ひとりが役員の小さな会社（合同会社が主流ですが株式会社でも可）をもう一つ持ち、その役員報酬を低めに設定して社会保険料の負担を抑える「マイクロ法人スキーム」の受け皿となる会社のことです。なぜこの構成が社会保険料の節約につながるのかはマイクロ法人 社会保険料削減スキームの完全解説で全体像を確認できます。

私がマイクロ法人を作るとき、いちばん判断に迷ったのがこのインボイス登録でした。顧問税理士の先生に「消費税は、得か損かではなく取引先が誰かで決まる部分が大きい」と言われて、考え方の軸ができました。この記事でわかることは次のとおりです。

• 新設法人が消費税で免税になりうる条件
• インボイス登録すると何が変わるのか
• 取引先がBtoBかBtoCかで登録要否が変わる理由
• 二刀流での考え方と、2割特例・簡易課税の位置づけ

新設法人は原則2期は免税になりうる

消費税は、原則として「基準期間（おおむね2期前）の課税売上高が1,000万円を超える」事業者が納める仕組みです。新しく作った法人には過去の基準期間がないため、設立から一定期間は免税事業者になりうるのが基本です。取引の少ないマイクロ法人にとっては、これがメリットの一つになります。

ただし、いくつか例外があります。代表的なのが次の点です。

• 資本金1,000万円以上で設立：初年度から課税事業者になります。マイクロ法人で資本金を低めにする人が多い理由の一つです
• 特定期間（前事業年度の前半など）の課税売上高・給与が一定額を超える：2期目から課税事業者になることがあります

「免税だから消費税を一切考えなくていい」ではなく、あくまで条件つきである点に注意してください。売上がほとんどない休眠に近い法人の税務は売上ゼロ・休眠の税務もあわせて参考になります。金額や条件は改正されることがあるため、最新は必ず公式で確認してください。

インボイス登録すると免税メリットが消える

ここが最大の判断ポイントです。インボイス（適格請求書）を発行するには「適格請求書発行事業者」として登録する必要がありますが、登録すると自動的に課税事業者になり、免税のメリットは受けられなくなります。つまり、せっかくの新設法人の免税期間を、自ら手放すことになります。

登録すれば取引先にインボイスを渡せますが、そのぶん自社は消費税を納める立場になります。逆に登録しなければ免税を続けられますが、取引先はあなたへの支払いについて仕入税額控除がしにくくなります。この「どちらを取るか」は、次に述べる取引先の性質で決まってきます。

取引先がBtoBかBtoCかで登録要否は変わる

インボイス登録の要否は、あなたの取引相手が「消費税の仕入税額控除をしたいかどうか」に大きく左右されます。

取引先のタイプ	インボイスを求められる度合い	登録の考え方
課税事業者の企業（BtoB）	高い。仕入税額控除のためインボイスを求められやすい	登録しないと取引に影響する可能性がある
一般消費者（BtoC）	低い。消費者は仕入税額控除をしない	登録の必要性は下がることが多い
免税事業者の小規模先	ケースによる	相手の状況しだいで判断が分かれる

企業向けに請求書を出す仕事が中心なら、登録していないと取引先の負担が増え、選ばれにくくなることがあります。一方、お客さんが一般消費者ばかりなら、インボイスを求められる場面は少なく、免税を続ける判断も十分にありえます。個人事業主側のインボイスの考え方は個人事業主のインボイスで整理していますので、二刀流の人はあわせて読むと理解が深まります。

二刀流での考え方：個人と法人で判断を分ける

二刀流の人がとくに気をつけたいのが、個人事業と法人は別々の事業者なので、インボイス登録の判断も別々にできるという点です。個人事業は取引先の都合で登録し、法人はBtoC中心だから登録しない、といった使い分けもありえます。

マイクロ法人スキームでは、法人側に載せる事業をあえて「消費者向け」「取引先が控除を気にしない業種」にして、法人は免税のまま運営する、という設計を選ぶ人もいます。どの事業をどちらに載せるかは、社会保険や経費の分け方とも絡む重要な設計です。二刀流の戦略の全体像は個人事業主との二刀流戦略で解説しています。

2割特例・簡易課税の位置づけ

もし課税事業者になった場合でも、納税や事務の負担を軽くする仕組みがあります。

2割特例

免税事業者からインボイス登録して課税事業者になった人向けに、一定期間、納税額を売上にかかる消費税の2割に抑えられる特例があります。細かい仕入の計算をしなくても納税額を出せるため、事務負担も軽くなります。適用できる期間や条件が定められているので、対象かどうかは公式で確認してください。

簡易課税

基準期間の課税売上高が一定額以下の事業者は、業種ごとの「みなし仕入率」を使って納税額を計算する簡易課税を選べます。実際の仕入を集計しなくてよいぶん、経理がラクになります。どの方式が有利かは売上・経費の構成で変わるため、選ぶ前に試算しておくと安心です。

免税を続ける場合に気をつけたいこと

「取引先が消費者中心だから、法人はインボイス登録せず免税のままでいく」と決めた場合でも、いくつか頭に入れておきたい点があります。

• 免税は条件つきで続くもの：売上が伸びて基準を超えれば、いずれ課税事業者になります。「ずっと免税」と決めつけないことが大切です
• 途中で取引先の要望が変わることがある：BtoC中心だった事業に企業からの依頼が増えると、インボイスを求められる場面が出てくることもあります
• 登録は後からでもできる：状況が変わった段階で登録を検討すれば十分な場合が多いので、慌てて登録する必要はありません

私自身、法人側は消費者向けの事業にして免税を続けていますが、「この先も本当にBtoCだけか」は毎年見直すようにしています。事業の載せ替えは社会保険や経費の分け方とも関わるので、単独で決めず全体設計の中で考えるのがコツです。

逆に、最初から企業取引が中心になると分かっているなら、免税にこだわらず早めに登録して、2割特例などで負担を抑えながら運営するほうが、取引の機会を逃さずに済みます。どちらが正解ということはなく、自分の取引先の顔ぶれから逆算して決めるのが結局はいちばん失敗が少ない、というのが私の実感です。

よくある質問（FAQ）

Q. マイクロ法人は結局、消費税を払うのですか？

A. 条件によります。新設法人は原則として一定期間免税になりうる一方、インボイス登録したり資本金が大きかったりすると課税事業者になります。自分の状況で判断が変わります。

Q. インボイス登録は後からでもできますか？

A. 事業の状況が変わってから登録することもできます。取引先の要望が増えてきた段階で検討する、という進め方も現実的です。

Q. 登録しないと取引を断られますか？

A. 相手が課税事業者で仕入税額控除を重視する場合、影響が出ることはあります。ただしBtoC中心なら問題にならないことも多く、取引先次第です。

Q. 二刀流で個人は登録、法人は未登録にできますか？

A. 個人事業と法人は別の事業者なので、それぞれ別に判断できます。どちらにどの事業を載せるかとあわせて設計するのが得策です。

Q. 2割特例と簡易課税はどちらが得ですか？

A. 売上や経費の構成によって変わります。どちらも使える場合は試算して比べる必要があるため、判断に迷うときは税理士に相談してください。

まとめ：得か損かではなく「取引先」で決める

この記事の要点を整理します。

• 新設法人は原則として一定期間免税になりうるが、条件つき（資本金1,000万円以上などは例外）
• インボイス登録すると課税事業者になり、免税メリットは消える
• 登録要否は取引先がBtoBかBtoCかで大きく変わる
• 二刀流は個人と法人で登録判断を分けられる
• 課税事業者でも2割特例・簡易課税で負担を軽くできる場合がある

消費税・インボイスは「登録すれば安心」でも「しなければ得」でもなく、取引先の性質と事業の載せ方で答えが変わります。制度や条件は改正されることがあるため最新は公式で確認し、判断に迷ったら早めに税理士へ相談してください。

※本記事は2026年7月時点の法令・運用を前提とした、筆者個人の理解と顧問税理士から聞いた内容に基づくものです。実際の判断は、顧問税理士・各機関にご確認のうえご自身の責任でお進めください。