【2026年版】マイクロ法人は消費税・インボイス登録すべき？新設法人の免税と2割特例

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この記事の結論は次の3つです。

資本金1,000万円未満で設立した法人は、設立1期目・2期目は原則として消費税の免税事業者。ただし特定期間の課税売上高と給与の支払額がどちらも1,000万円を超えると、2期目から課税になる
インボイス登録をすると免税ではなくなる。登録するかは「取引先がインボイスを必要とするか」で決める
2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間まで、3割特例は個人事業者だけ。これから設立する法人が登録するなら、一般課税か簡易課税で考える

「マイクロ法人を作ったら、消費税も払うことになるの？」
「インボイス登録はしたほうがいいの、しないほうがいいの？」
「二刀流だと、個人事業と法人でどう考えればいいの？」

最初に土台を共有します。この記事のマイクロ法人とは、個人事業と並行して、自分ひとりが役員の小さな会社（合同会社が主流ですが株式会社でも可）をもう一つ持ち、その役員報酬を低めに設定して社会保険料の負担を抑える「マイクロ法人スキーム」の受け皿となる会社のことです。なぜこの構成が社会保険料の節約につながるのかはマイクロ法人社会保険料削減スキームの完全解説で全体像を確認できます。

マイクロ法人を作るとき、多くの人が判断に迷うのがインボイス登録です。消費税は「得か損か」だけでなく、取引先が誰かで決まる部分が大きいと考えると、判断の軸ができます。まずは、自分の法人が下の表のどれに当たるかを確かめてください。

法人の状況	消費税の扱い	次の一手
取引先が主に一般の消費者	免税のままでよいことが多い	登録せず、売上と取引先の変化を毎年見直す
取引先が主に課税事業者の企業	インボイスを求められやすい	設立した期の初日から登録する手続きと、簡易課税の届出を検討する
資本金1,000万円以上で設立した	1期目から課税事業者	一般課税か簡易課税かを早めに決める（2割特例は使えない）
個人事業ではすでに登録している二刀流	法人は別の事業者として判断できる	法人に載せる事業の取引先で決める

新設法人は原則2期は免税になりうる

国税庁の案内によると、消費税は基準期間（法人は原則として前々事業年度）の課税売上高が1,000万円以下なら、原則として納税義務が免除されます。新しく作った法人には設立1期目・2期目の基準期間がないため、原則として免税事業者になります。取引の少ないマイクロ法人にとっては、これがメリットの一つです。ただし、次のような例外があります。

期首の資本金が1,000万円以上：その期は課税事業者になります。マイクロ法人で資本金を低めにする人が多い理由の一つです
特定期間の課税売上高が1,000万円を超える：特定期間とは、原則として前事業年度が始まってから6か月の期間です。課税売上高の代わりに給与等の支払額で判定することもできるため、両方が1,000万円を超えると2期目から課税事業者になります。1期目が短い場合は特定期間の扱いが変わることがあります
大きな会社グループが設立した法人（特定新規設立法人）：一定の要件にあたると免税になりません

「免税だから消費税を一切考えなくていい」ではなく、あくまで条件つきである点に注意してください。売上がほとんどない法人の税務は売上ゼロ・休眠の税務も参考になります。

インボイス登録すると免税メリットが消える

インボイス（適格請求書）を発行するには「適格請求書発行事業者」として登録する必要がありますが、登録を受けている間は、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも納税義務は免除されません。つまり、新設法人の免税期間を自ら手放すことになります。

登録すれば取引先にインボイスを渡せますが、そのぶん自社は消費税を納める立場になります。登録しなければ免税を続けられますが、取引先はあなたへの支払いについて仕入税額控除がしにくくなります。

なお、国税庁のインボイスQ&Aでは、新たに設立された法人が、設立した期の初日から登録を受けたい旨を書いた登録申請書をその期の末日までに出し、登録簿に載れば、その期の初日に登録を受けたものとみなされる特例が示されています。設立と同時に登録が必要かどうかは、取引先の顔ぶれから判断しましょう。

取引先がBtoBかBtoCかで登録要否は変わる

インボイス登録の要否は、あなたの取引相手が「消費税の仕入税額控除をしたいかどうか」に大きく左右されます。

取引先のタイプ	インボイスを求められる度合い	登録の考え方
課税事業者の企業（BtoB）	高い。仕入税額控除のためインボイスを求められやすい	登録しないと取引に影響する可能性がある
一般消費者（BtoC）	低い。消費者は仕入税額控除をしない	登録の必要性は下がることが多い
免税事業者の小規模先	ケースによる	相手の状況しだいで判断が分かれる

企業向けに請求書を出す仕事が中心なら、登録していないと取引先の負担が増え、選ばれにくくなることがあります。免税事業者からの仕入れについて一定割合を控除できる経過措置は、令和8年度の改正で期限が延び、控除できる割合が段階的に下がる形に見直されました。取引先の負担がどう変わるかも、相手と話すときの材料になります。お客さんが一般消費者ばかりなら、免税を続ける判断も十分にありえます。個人事業主側の考え方は個人事業主のインボイスで整理しています。

二刀流での考え方：個人と法人で判断を分ける

二刀流の人がとくに気をつけたいのが、個人事業と法人は別々の事業者なので、インボイス登録の判断も別々にできるという点です。個人事業は取引先の都合で登録し、法人はBtoC中心だから登録しない、といった使い分けもありえます。

法人側に載せる事業を「消費者向け」「取引先が控除を気にしない業種」にして、法人は免税のまま運営する設計を選ぶ人もいます。どの事業をどちらに載せるかは、社会保険や経費の分け方とも絡む重要な設計です。全体像は個人事業主との二刀流戦略で解説しています。

2割特例・3割特例・簡易課税の位置づけ

課税事業者になった場合でも、納税や事務の負担を軽くする仕組みがあります。ただし、使える期間と対象者に注意が必要です。

2割特例：法人は令和8年9月30日を含む課税期間まで

免税事業者からインボイス登録して課税事業者になった事業者は、納付税額を売上げにかかる消費税額の2割にできる特例を使えます。国税庁の特設ページによると、対象は令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日を含む課税期間で、3月決算の法人なら令和9年3月期までです。資本金1,000万円以上の新設法人などは対象外です。令和8年10月以降に始まる期から事業を始める法人は、この特例を使えません。

3割特例：個人事業者だけ

令和8年度の改正で、2割特例を使っていた個人事業者は、令和9年分・令和10年分に納付税額を売上税額の3割にできる「3割特例」が使えるようになりました。国税庁の特集ページでは、法人は3割特例の対象外と明記されています。二刀流の人は、個人事業側だけで使える制度だと整理しておきましょう。

簡易課税

基準期間の課税売上高が5,000万円以下なら、業種ごとの「みなし仕入率」で納税額を計算する簡易課税を選べます。届出は原則として適用したい課税期間の初日の前日までですが、免税事業者が登録で課税事業者になる場合は、その課税期間中に届出書を出せばその期から使える経過措置があります。選ぶと原則2年間は続ける必要があるため、一般課税と試算して比べてから決めましょう。

免税を続ける場合に気をつけたいこと

免税は条件つきで続くもの：売上が伸びて基準を超えれば、いずれ課税事業者になります。「ずっと免税」と決めつけないことが大切です
途中で取引先の要望が変わることがある：消費者向けだった事業に企業からの依頼が増えると、インボイスを求められる場面が出てきます
登録は後からでもできる：状況が変わった段階で登録を検討すれば足りる場合も多いので、慌てて登録する必要はありません

法人側を消費者向けの事業にして免税を続ける場合も、「この先も本当に消費者向けだけか」を毎年の決算のタイミングで見直すのがおすすめです。最初から企業取引が中心になると分かっているなら、免税にこだわらず登録し、簡易課税などで負担と事務を抑えながら運営するほうが取引の機会を逃さずに済みます。自分の取引先の顔ぶれから逆算して決めるのが、失敗の少ない進め方です。

次にやること：手続きの順番と期限

登録するかどうかを決めたら、次の順番で進めます。期限は国税庁の案内によるものです。

順番	やること	期限・ポイント
1	取引先を「企業」と「一般の消費者」に分けて、売上の見込みを整理する	設立前。どの事業を法人に載せるかとあわせて決める
2	登録する場合は、e-Taxなどで登録申請書を出す	設立した期の初日から登録したいなら、その期の末日までに「初日から登録を受けたい旨」を書いて提出
3	簡易課税を使うなら、簡易課税制度選択届出書を出す	登録で課税事業者になる期は、その期の中に出せばその期から使える
4	請求書の書式をインボイスの記載事項に合わせる	登録番号、税率ごとの対価の額と消費税額などを載せる
5	課税事業者になった期は、消費税の確定申告をする	原則として課税期間の末日の翌日から2か月以内

登録すると、売上と仕入れの消費税を帳簿で区分しておく必要が出てきます。法人の帳簿づけの道具は法人化したら会計ソフトはどうする？で、会計ソフト全体の比較は会計ソフトおすすめ10選で確認できます。開業のタイミングで登録するかの考え方はインボイス登録は開業と同時にすべき？も参考になります。

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よくある質問（FAQ）

Q. マイクロ法人は結局、消費税を払うのですか？

A. 条件によります。資本金1,000万円未満の新設法人は設立1期目・2期目が原則として免税になる一方、インボイス登録をしたり、特定期間の売上と給与がどちらも1,000万円を超えたりすると課税事業者になります。

Q. インボイス登録は後からでもできますか？

A. 事業の状況が変わってから登録することもできます。取引先の要望が増えてきた段階で検討する、という進め方も現実的です。設立と同時に登録したい場合は、期の末日までの申請で初日にさかのぼれる特例があります。

Q. 登録しないと取引を断られますか？

A. 相手が課税事業者で仕入税額控除を重視する場合、影響が出ることはあります。ただし一般の消費者向けの取引が中心なら問題にならないことも多く、取引先次第です。

Q. 二刀流で個人は登録、法人は未登録にできますか？

A. 個人事業と法人は別の事業者なので、それぞれ別に判断できます。なお3割特例は個人事業者だけの制度なので、個人側で使えても法人側では使えません。どちらにどの事業を載せるかとあわせて設計しましょう。

Q. これから設立する法人でも2割特例は使えますか？

A. 2割特例は令和8年9月30日までの日を含む課税期間が対象なので、令和8年10月以降に始まる期しかない法人は使えません。登録して課税事業者になるなら、一般課税と簡易課税を試算して比べ、迷うときは税理士に相談してください。

まとめ：得か損かではなく「取引先」で決める

この記事の要点を整理します。

資本金1,000万円未満の新設法人は設立1期目・2期目が原則免税。ただし特定期間などの例外がある
インボイス登録をすると、免税のメリットはなくなる
登録の要否は、取引先が企業か一般の消費者かで大きく変わる
2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間まで。3割特例は個人事業者だけで、法人は対象外
登録するなら申請・簡易課税の届出・申告の期限を表で確認し、一般課税と簡易課税を比べて選ぶ

消費税・インボイスは「登録すれば安心」でも「しなければ得」でもなく、取引先の性質と事業の載せ方で答えが変わります。制度は改正が続いているため最新は国税庁の案内で確認し、判断に迷ったら早めに税理士へ相談してください。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の案内や税理士などの専門家にご確認ください。