【2026年版】せどり・転売の税務調査｜狙われやすい理由と申告漏れを防ぐ実務

この記事の結論は次の3つです。

• ネット販売の売上は、取引の記録が販売サイトや口座に残る。「申告しなくても分からない」という前提は成り立たない
• 調査でいちばん問われるのは棚卸。年末に残った在庫は経費にならず、翌年に繰り越す
• 仕入の証拠・販売サイトごとの売上集計・事業用口座の3つをそろえておけば、調査が来ても説明できる

「せどりは確定申告しないと見つかるって本当？」
「Amazon・メルカリの売上、税務署はどこまで把握している？」
「在庫が多くて棚卸の管理が雑…これって調査でまずい？」

Amazon・メルカリ・ヤフオク・楽天など、ネット上で商品を仕入れて販売する「せどり・転売」。個人で始めやすい一方、所得の規模が大きくなると税務調査の対象に選ばれやすい業種のひとつです。税務調査が来やすい人の特徴や全体の流れは個人の税務調査の流れと対応のコツでまとめています。

この記事では、狙われやすい理由、税務署が取引を把握する経路、在庫と棚卸の論点、仕入と経費の境界線を整理したうえで、確定申告書のどこに何を書くかまでを順に説明します。

なお、せどりの利益がまとまってくると、税金だけでなく国民健康保険・国民年金の負担も重くなります。その対策として、せどり事業は個人のまま続けつつ、役員が自分一人の法人（合同会社で設立する例が多数）を別に作り、そこから受け取る役員報酬を少額に抑えることで社会保険料の基準を下げる、マイクロ法人という手法があります。きちんと申告した上で固定費を見直したい方は、マイクロ法人 社会保険料削減スキームの完全ガイドを参考にしてみてください。

自分のケースを当てはめる判断表

まず、自分の売り方がどこに当てはまるかを確かめてください。申告が要るかどうかと、残すべき記録が変わります。

あなたのケース	確定申告	所得の区分の目安	残す記録
家具や衣服など、自分で使っていた物をときどき売るだけ	原則不要（生活用動産の譲渡は非課税）	課税されない	売った物と金額のメモ程度
会社員の副業で、給与以外の所得が年20万円以下	所得税は不要な場合が多い（住民税の申告は別に必要）	雑所得	仕入・売上・手数料の記録
会社員の副業で、給与以外の所得が年20万円超	必要	雑所得（規模や継続性によっては事業所得）	上に加えて、年末の在庫一覧
仕入れて売ることを本業として継続している	必要	事業所得	帳簿・在庫一覧・仕入の証拠・口座の明細

20万円は「売上」ではなく「所得（売上から仕入や経費を引いた額）」で見ます。国税庁の案内では、給与を1か所から受けて年末調整を済ませている人などが対象の基準です。迷う場合は、記録だけは事業として申告する前提で残しておくと、どちらに転んでも困りません。

事業所得か雑所得かは、取引の規模や継続性、生活の糧になっているかなどで総合的に判断されます。国税庁の通達では、帳簿を付けて書類を保存しているかどうかも判断の目安とされています。会社員の副業でも、帳簿を付けて継続的に販売しているなら事業所得になる余地があるので、最初から帳簿を付けておくほうが選択肢が広がります。

なぜせどりは税務調査で狙われやすいのか

① 売上の記録が外部に残る

販売サイトの取引履歴、売上金の入金口座、配送の記録など、ネット販売は取引の跡が第三者のところに残ります。税務署には、法律に基づいて取引先や関係先に資料の提出を求める仕組みがあり、「ネット販売は匿名だから分からない」という考えは誤解です。

② 在庫管理が雑になりやすい

せどりは仕入と販売のサイクルが速く、「在庫がいくつあるか」「いくらで仕入れたか」が曖昧になりがちです。棚卸の不備は、調査で最も指摘されやすいポイントの1つです。

③ 仕入の支払い方法がばらばら

店舗仕入の現金、通販のクレジットカード、銀行振込と、仕入の経路が分かれがちです。記録が分散していると、仕入の裏付けを示せず、経費として認められないおそれが高まります。

税務署が取引を把握する経路

税務署が使う情報源として、一般に次のようなものが挙げられます。

• 販売サイト・決済事業者への照会：出品者ごとの売上や入金の記録
• 銀行口座の入出金：売上金の振込や仕入の支払い
• 取引先への確認（反面調査）：仕入先・卸先の帳簿との突き合わせ
• 本人の発信：「月商○万円達成」などの投稿
• 第三者からの情報提供

どの経路が使われるかは事案ごとに違いますが、申告していない売上は見つかりやすいと考えて準備するのが現実的です。近年はデータ分析の高度化も進んでおり、AIを使った税務調査の進化もあわせて押さえておきましょう。

在庫・棚卸で問われる論点

せどりの税務調査で最も論点になるのが棚卸です。年末時点の在庫を正しく数えないと、売上原価がずれて所得が少なく計算されることになります。

項目	処理
当年の仕入	仕入として記録する
年末に残った在庫	棚卸資産として翌年に繰り越す（その年の経費にならない）
売上原価	年初の在庫＋当年の仕入−年末の在庫

個人の場合、棚卸の基準日は12月31日です。販売サイトの倉庫に預けている在庫や、発送待ちの商品も数に入ります。売上原価の流れは開業時の在庫・仕入の扱いと棚卸のやり方でも詳しく説明しています。

調査で指摘されやすいミス

• 年末の在庫を計上せず、仕入額を全部その年の経費にしている
• 在庫一覧の数量と、実際の在庫や販売サイトの在庫数が合わない
• 仕入価格の根拠（領収書・請求書・注文履歴）が残っていない
• 自分で使う物と販売用の在庫が混ざっている

売れ残り・値下がりした在庫の扱い

年末の在庫は、原則として仕入値で評価します。評価方法を税務署に届け出ていない個人は、年の最後に仕入れたときの単価で評価する方法（最終仕入原価法）になります。青色申告の人は、届け出れば時価が下がった分を反映できる方法（低価法）を選べます。壊れて売れない商品や、処分した商品は在庫から外せますが、写真や処分の記録を残しておかないと、調査で「在庫を減らしただけ」と見られかねません。

仕入と経費の境界線

経費にしやすいもの

• 仕入代金（売れた分が売上原価になる）
• 配送料・梱包資材費
• 販売サイトの手数料・決済手数料
• 仕入のための交通費
• 会計ソフト・在庫管理ツールの利用料
• 在庫を置く倉庫・保管スペースの費用

判断が分かれるもの

• 「研究用」として買った商品：転売目的か、自分で使ったのか
• 自宅の一部を在庫置き場にしている場合の家賃：使っている面積の割合を示せるか
• せどり講座・コンサルの費用：事業に直接つながる内容か
• 飲食代：仕入先との打ち合わせと説明できるか

判断が分かれるものは、何のために使ったかのメモを領収書に残しておくだけで説明しやすくなります。経費全般の判定基準は個人事業主の経費一覧と判定基準で整理しています。

日常の5つの備え

• ① 仕入はその都度記録：月末にまとめて思い出す方法では漏れが出る
• ② 年末に在庫を実際に数える：12月31日時点の数量と仕入単価を一覧にする
• ③ 販売サイトごとに売上を集計：Amazon・メルカリ・楽天などを分けて、入金額ではなく売上と手数料に分ける
• ④ 仕入・販売の口座を専用にする：生活費の口座と分けると、調査での説明がぐっと楽になる
• ⑤ 領収書・納品書を月ごとに保存：保存期間は青色・白色や書類の種類で5年または7年。国税庁の案内（白色は収入や経費を記載した帳簿が7年、領収書などは5年）で確認する

調査の連絡が来たときの流れ

個人の税務調査は、原則として事前に税務署から電話などで連絡があり、調査の日時・対象の年分・対象の税目が伝えられます。都合が悪ければ日程の相談はできます。連絡が来たら、帳簿・年末の在庫一覧・販売サイトの取引履歴（画面から書き出せるもの）・口座の明細・仕入の領収書を年ごとにまとめておきます。当日は事実をそのまま答え、分からないことはその場で推測で答えず、後で確認して回答すると伝えれば問題ありません。誤りが見つかった場合は、修正申告で差額を納めるのが一般的な流れです。

次にやること：確定申告書のどこに書くか

記録がそろったら、申告書に書く場所を確かめます。事業所得として申告する場合と、副業の雑所得として申告する場合で書く場所が変わります。

書く内容	事業所得の場合	雑所得（副業）の場合
売上	青色申告決算書または収支内訳書の「売上（収入）金額」	申告書第一表の「雑・業務」の収入金額
仕入・在庫	決算書の売上原価の欄（年初の棚卸高・仕入金額・年末の棚卸高）	必要経費の計算に含めて「雑・業務」の所得を出す
送料・手数料など	決算書の経費の各科目（荷造運賃・支払手数料など）	同上
所得	申告書第一表の「事業・営業等」	申告書第一表の「雑・業務」

申告書を出す前に、次の3点を確かめておくと、後から指摘を受けにくくなります。

• 売上は入金額ではなく総額で計上しているか：販売サイトから振り込まれる金額は手数料や送料が引かれた後の額なので、売上と手数料に分けて記録する
• 年初の在庫を前の年の年末在庫と一致させているか：ここがずれると売上原価が二重になったり漏れたりする
• 私用の買い物が経費に混ざっていないか：同じカードで仕入と生活費を払っている場合は特に注意する

過去の年に申告していなかった売上に気づいた場合は、調査の連絡が来る前に自分から申告するほうが負担は軽くなります。加算税や延滞税の種類は追徴課税とは？加算税・延滞税の種類で確認してください。

会計ソフトを選ぶときに、売上・手数料・在庫の扱いで何を確かめるかはせどり・物販・ネットショップの会計ソフトの選び方で、主要な会計ソフトの比較は会計ソフトおすすめ10選でまとめています。

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よくある質問（FAQ）

Q. メルカリの売上は税務署に把握されますか？

A. 取引の記録は販売サイトや入金口座に残り、税務署には法律に基づいて資料の提出を求める仕組みがあります。「分からないだろう」という前提は持たず、申告が必要な所得があるなら申告してください。

Q. 副業でせどりをしている会社員も申告が必要ですか？

A. 給与を1か所から受けて年末調整を済ませている人なら、給与以外の所得が年20万円を超えると確定申告が必要です。20万円以下でも住民税の申告は別に必要です。副業が税務調査につながる仕組みも理解しておくと安心です。

Q. 趣味で集めていた物を売った場合はどうなりますか？

A. 家具や衣服など生活に通常必要な物を売った所得は非課税です。ただし国税庁の案内では、貴金属・宝石・書画・骨とうなどで1個または1組30万円を超えるものは除かれます。また、営利目的で繰り返し売っている場合は、雑所得や事業所得として扱われます。

Q. 仕入の領収書が一部ない場合は？

A. 銀行振込の履歴・クレジットカードの明細・注文履歴などで仕入を裏付けられる場合があります。ただし、何の証拠もない仕入は経費として認められないおそれが高いです。詳しい対処法は税務調査で領収書がない時の対処法で解説しています。

Q. 古物商の許可は必要ですか？

A. 中古品を仕入れて繰り返し売るなら、古物商の許可が必要になるのが一般的です。これは税務とは別の法律の話ですが、許可なく営業すると別の問題になります。新品だけを扱う場合など、要否は警察署の窓口で確認してください。

まとめ：「在庫」と「記録」が税務調査の生命線

• ネット販売の売上は外部に記録が残る。把握されている前提で申告する
• 12月31日の在庫は経費にならず翌年へ繰り越す。棚卸が最大の論点
• 仕入の証拠・販売サイトごとの集計・専用口座の3つで説明できる状態を作る
• 会社員の副業は、給与以外の所得20万円超で確定申告が必要（住民税は別）
• 申告書では、事業所得は決算書の売上原価欄、副業は「雑・業務」の欄に書く

せどりの税務調査は、在庫の管理と仕入の証拠が最大の論点です。日々の記録と年末の棚卸を続けていれば、調査が来ても落ち着いて対応できます。税務調査で否認されないための対策もチェックしておきましょう。

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※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の案内や税理士などの専門家にご確認ください。