「電子帳簿保存法って、結局うちの会社は何をすればいいの？」
「メールで届いた請求書は、印刷して保存じゃダメ？」
「freeeやマネーフォワードを使えば、自動で対応できるの？」

2024年1月から本格施行された改正・電子帳簿保存法。すべての事業者に「電子取引データの電子保存」が義務化されたことで、マイクロ法人や中小企業の経理にも大きな変化が生じています。

「うちは小規模だから関係ない」「よくわからないから後回しでいい」と放置すると、税務調査での重加算税の加重措置や、青色申告の取消しといった重大なリスクにつながる可能性も。逆に、freee・マネーフォワードなどのクラウド会計サービスを正しく活用すれば、対応はほぼ自動化でき、業務効率化のチャンスにもなります。

本記事で「マイクロ法人」と呼ぶのは、個人事業主が役員報酬を低く抑えて社会保険料の負担を軽減するために設立する役員一人だけの法人（合同会社が主流）のこと。こうした社会保険料削減スキームの全体像を実践している方も、法人である以上は電子帳簿保存法への対応が必要です。

この記事では、電子帳簿保存法の3区分・電子取引保存の具体的なルール・中小企業向け緩和措置・インボイス制度との連動・クラウド会計サービスの活用方法・税務調査の変化への対応・社内ルールの作り方まで、初めて対応する方が迷わず動けるよう完全ガイドとしてお届けします！

早見表：電子帳簿保存法の3区分

区分	対象	対応
①電子帳簿等保存	会計ソフトで作った帳簿・決算書	任意（紙保存もOK）
②スキャナ保存	取引先から受け取った紙の請求書・領収書	任意（紙のまま保存もOK）
③電子取引データ保存	メール・クラウドで受け取った電子データ	義務（電子保存必須）

つまり、「電子で受け取ったものは、電子のまま保存する」という1点だけが義務。①②は任意なので、対応するか決められます。

義務化されたのは「区分③電子取引データ保存」だけ

もっとも重要で、すべての事業者に義務化された区分です。具体的には、次のような取引で発生するデータが対象です。

• メール添付で送られてくるPDFの請求書・領収書
• クラウドサービス（freee、Stripe、PayPalなど）から発行される電子インボイス
• Amazon・楽天・Yahoo!ショッピング等のECサイトでダウンロードする電子領収書
• EDI取引（電子データ交換）で授受される取引データ

これらは紙に印刷して保存することが禁止され、必ず電子データのまま保存する必要があります。「Amazon領収書をPDFでダウンロード→印刷してファイリング→PDF削除」という運用は、もはや法律違反です。

電子保存の3つの要件｜「真実性」「可視性」「検索性」

電子データを保存する際には、以下の3つの要件を満たす必要があります。

①真実性の確保

データが改ざんされていないことを担保するための要件。次のいずれかで対応します。

• タイムスタンプの付与（クラウド会計サービスが自動付与）
• 訂正・削除を記録するシステムの利用
• または事務処理規程の作成・運用（後述）

②可視性の確保

必要なときに画面で確認・印刷できる状態であること。パソコン・ディスプレイ・プリンターを業務スペースに常設していれば基本的にOKです。

③検索性の確保

「日付・金額・取引先」の3項目で検索できる機能が必要。クラウド会計を使えば自動対応されますが、ローカル保存の場合は工夫が必要です。

中小企業・マイクロ法人向けの「緩和措置」が大事

大企業向けの厳格な要件のままだと中小企業には負担が大きすぎるため、中小企業向けの緩和措置が用意されています。

緩和措置	対象	内容
検索要件の免除	2期前の売上5,000万円以下の事業者	「日付・金額・取引先」検索機能が不要
税務調査時のダウンロード対応で要件クリア	すべての事業者	調査官の求めに応じて電子データを即提示できればOK
事務処理規程による対応	すべての事業者	タイムスタンプの代わりに規程運用で代替可

この緩和措置のおかげで、マイクロ法人・小規模個人事業主は大型のシステム投資をしなくても対応可能。多くの場合、月1,000円程度のクラウド会計サービスで十分対応できます。

インボイス制度との密接な関係

2023年10月から始まったインボイス制度と、電子帳簿保存法は密接に連動しています。

受け取り方	保存方法
紙のインボイスを受領	紙のまま保存／スキャナ保存（任意）
メール添付・クラウド経由で電子インボイス受領	電子データのまま保存（義務）

取引先がBtoBになるほど電子インボイスのやり取りが増えていくため、電子帳簿保存法への対応は今後ますます重要になります。インボイス制度の判断ガイドはインボイス制度の完全判断ガイドもご参照ください。

freee・マネーフォワード活用で対応はほぼ自動化

クラウド会計サービスを使えば、電子帳簿保存法の要件はほぼ自動的にクリアできます。主要3社の対応状況を比較しました。

項目	freee会計	マネーフォワード クラウド	弥生会計オンライン
タイムスタンプ自動付与	○	○	○
訂正・削除履歴の保存	○	○	○
検索機能（日付・金額・取引先）	○	○	○
レシートOCR取込	○	○	○
メール添付PDFの自動保存	○（メール転送）	○（メール転送）	○（メール転送）
料金（個人事業主向け）	月1,180円〜	月980円〜	初年度無料

これらのソフトを使う場合、取引先からのPDFや電子レシートを所定のメールアドレスに転送するだけで、自動的に法的要件を満たした形で保存されます。

クラウド会計を使わない場合の対応｜「事務処理規程」を作る

クラウド会計を使わずローカル保存で対応する場合は、「電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程」を作成する必要があります。これがあれば、タイムスタンプ等のシステムは不要です。

事務処理規程の主な記載内容

• 電子データの保存責任者
• 保存する電子データの種類
• 保存場所（指定フォルダなど）
• ファイル名の命名規則（例：「YYYYMMDD_取引先名_金額」）
• 訂正・削除の手続き（責任者の承認必須など）
• 保存期間（原則7年）

国税庁のサイトで事務処理規程のひな形が無料公開されているので、それをベースに自社向けにカスタマイズすればOKです。

税務調査はこう変わる｜社長が知らないと危険

電子帳簿保存法の施行で、税務調査のあり方も変わっています。

変化①：データ調査が中心になる

これまでの「紙の帳簿を捲る」調査から、調査官が会計ソフトを直接操作してデータを検索する形に変化。経理担当者一人で対応する時間が増え、社長の関与が薄くなりがちです。

変化②：調査の効率化で指摘事項が増える

データ検索により、怪しい取引が一瞬で抽出されます。これまでは見落とされていた些細な不整合も、瞬時に指摘される可能性が高まります。

対策：社長も最低限のITリテラシーを身につける

調査官の指示に「経理担当者が答える」だけの体制では、社長が状況把握できないまま、不利な事実が次々判明することも。社長も最低限、会計ソフトの操作と主な取引データの場所を把握しておくのが安全です。

違反時のペナルティ｜重加算税の加重措置と青色申告取消

①重加算税の10%加重

電子データの隠ぺい・改ざんが発覚した場合、通常の重加算税（35〜40%）に加えてさらに10%上乗せ。最大で本税の50%が加算されます。

②青色申告の承認取消

電子取引データの保存義務違反が悪質と判断されると、青色申告の承認が取り消される可能性があります。これにより最大65万円控除や赤字繰越が使えなくなり、会社経営に深刻なダメージとなります。

③消費税の仕入税額控除も認められない可能性

電子インボイスを正しく保存していなかった場合、その取引の仕入税額控除が認められないケースも。インボイス制度の要件と連動するため、二重のリスクです。

マイクロ法人・中小企業がいま実行すべき5ステップ

1. クラウド会計サービスを契約（freee／マネーフォワード／弥生から1つ）
2. 銀行口座・クレジットカードを連携（自動取込で記帳の8割が自動化）
3. 電子インボイスの受領用メールアドレスを設定（取引先のPDFを自動取込）
4. 事務処理規程を作成・運用（クラウド会計を使う場合は必須ではないが推奨）
5. 従業員（家族含む）に運用ルールを周知

クラウド会計サービスの選び方はネットバンク×クラウド会計の比較でくわしく解説しています。

よくある質問（FAQ）

Q. 紙でもらった請求書をスキャナ保存しても大丈夫？

A. はい、可能です。スキャナ保存は任意なので、紙のまま保存しても問題ありません。スキャナ保存する場合は、解像度・カラー・タイムスタンプ等の要件を満たす必要があります。

Q. メールに添付されたPDF請求書を印刷して、PDFを削除したらどうなる？

A. これは法律違反です。電子取引データは電子のまま保存する義務があります。印刷して原本を消すと、税務調査で指摘・ペナルティの対象になる可能性があります。

Q. ECサイト（Amazon・楽天）で購入した経費の領収書はどう保存すべき？

A. ECサイトの領収書ページは電子取引に該当するので、PDFダウンロードまたは画面キャプチャを取って電子保存が必要。メールに添付された注文確認書も電子データとして保存対象です。

Q. 個人事業主・副業でも対応必要？

A. 対応必要です。法人・個人事業主・副業を問わず、すべての事業者が対象。ただし売上5,000万円以下なら検索要件は免除されるため、ハードルは低めです。

Q. 紙で受け取ったレシートも電子化する必要ある？

A. いいえ。紙で受け取ったものは紙のまま保存でもOK。スキャナ保存にするのは任意です。義務化されているのは「電子で受け取ったものは電子のまま保存」だけです。

まとめ：クラウド会計でラクに対応＋業務効率化のチャンスに

電子帳簿保存法の対応について、義務範囲・要件・実務対策まで完全ガイドとしてお届けしました。

• 義務化されたのは「電子取引データを電子のまま保存」のみ
• 3つの要件は「真実性・可視性・検索性」
• 売上5,000万円以下は検索要件が免除される
• freee・マネーフォワード等のクラウド会計を使えばほぼ自動対応
• 違反時は重加算税の10%加重＋青色申告取消リスク
• クラウド会計を使わない場合は事務処理規程の作成で対応

「面倒なルール変更」と捉えるか、「業務効率化のチャンス」と捉えるかで、その後の経理運用は大きく変わります。月1,000円程度のクラウド会計サービスで法的要件をクリアできる時代。せっかくなら、これを機に銀行連携・経費自動化・インボイス対応まで一気に整えて、本業に集中できる体制を作ってしまいましょう！

【参考ツール】電子帳簿保存法とインボイス制度はセットで対応するのが基本です。仕入税額控除を実際の数字で試算したい場合は、目的別ツールが便利です。

• インボイス仕入税額控除計算機 - 経過措置（80%/50%）込みの試算
• 消費税計算機 - 税抜⇔税込双方向換算
• 軽減税率対応 消費税計算機 - 軽減8%+標準10%混在の一括計算

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