【2026年版】マイクロ法人社長も健康診断を受けられる？協会けんぽの生活習慣病予防健診と費用補助

この記事の結論は次の3つです。

• マイクロ法人で協会けんぽの被保険者になれば、役員一人の社長でも生活習慣病予防健診を補助つきで受けられる
• 令和8年度（2026年4月〜）は、35〜74歳の一般健診の自己負担が最高5,500円、人間ドックにも最大25,000円の補助が始まった
• 健診費用を法人の経費にするかは、給与として課税される論点があるため、処理を決めてから払う

「会社を辞めてから、健康診断を受けていない…」
「マイクロ法人の社長でも、会社員みたいな健診を受けられるの？」
「健診の費用は法人の経費にできる？」

会社員を辞めて個人事業主になると、毎年当たり前だった定期健康診断の機会を失いがちです。ここに、マイクロ法人の隠れたメリットがあります。ここで言うマイクロ法人とは、個人事業主が役員一人きりの会社（合同会社が主流、株式会社でも可）を別に作り、低めの役員報酬で協会けんぽ・厚生年金に加入して社会保険料を抑える「マイクロ法人スキーム」の主体となる法人のこと。スキームの全体像はマイクロ法人 社会保険料削減スキームの完全解説で解説しています。

協会けんぽの被保険者になると、「生活習慣病予防健診」という費用補助つきの健診が使えるようになります。国保の特定健診より項目が手厚く、会社員時代の健診に近い内容を毎年受けられます。保険料の削減額ばかりが注目されるスキームですが、この健診は地味に効く付加価値です。この記事の金額は、2026年10月27日に協会けんぽの案内で確認した令和8年度のものです。

自分の年齢と立場で受けられる健診を確かめる

まず、自分がどの行に当たるかを確認してください。令和8年度の協会けんぽの案内をもとに整理しています。

あなたの立場	受けられる健診	自己負担・補助の上限
被保険者（社長本人）35〜74歳	生活習慣病予防健診の一般健診	自己負担は最高5,500円
被保険者 35〜74歳で人間ドックを選ぶ	人間ドック健診	補助は最大25,000円（差額は自己負担）
被保険者 20歳・25歳・30歳	一般健診（胃・大腸がん検査を除く）	自己負担は最高2,500円
被保険者 40歳から5歳刻み（70歳まで）	節目健診（5年に1度）	自己負担は最高8,280円
被扶養者（配偶者など）40〜74歳	特定健診	補助は最大7,150円

補助が使えるのは年度内に1人1回で、人間ドック健診か生活習慣病予防健診のどちらかを選ぶ形です。受診日の時点で協会けんぽの被保険者であることが条件になります。

生活習慣病予防健診とは：役員本人も使える協会けんぽの健診

生活習慣病予防健診は、協会けんぽが被保険者向けに実施している費用補助つきの健診です。ポイントは「被保険者であること」が条件であり、役員か従業員かは問わないこと。マイクロ法人の一人社長も対象です。

• 対象：35〜74歳の被保険者（令和8年度からは20歳・25歳・30歳も対象）
• 主な検査項目（一般健診）：診察、身体計測、血圧、尿検査、血液検査（脂質・血糖・肝機能・貧血など）、心電図、胸部X線、胃部X線または胃内視鏡、便潜血検査（大腸がん検診）など
• 自己負担：35歳以上の一般健診は最高5,500円。兵庫支部の案内では、約2万円相当の内容とされています

がん検診系（胃・大腸）まで基本の項目に入っているのが、次に説明する国保の特定健診との大きな違いです。

国保時代との比較：特定健診より項目が手厚い

個人事業主が国民健康保険で受けられる健診は、主に特定健診（特定健康診査）です。両者を比べてみます。

項目	生活習慣病予防健診（協会けんぽ）	特定健診（国保）
対象年齢	35〜74歳の被保険者（20・25・30歳も一部）	40〜74歳
検査の範囲	基本項目＋心電図・胸部X線・胃X線または内視鏡・便潜血など	メタボリックシンドロームに着目した基本項目が中心
自己負担	35歳以上の一般健診は最高5,500円	無料〜低額（自治体による）

特定健診は無料〜低額な半面、がん検診は自治体の検診を自分で組み合わせる必要があります。生活習慣病予防健診は1回の受診で会社員の定期健診＋がん検診に近い範囲をカバーでき、35歳から受けられるのが強みです。国保から協会けんぽへの切り替え手続き全般は設立後の社会保険切り替え手続きを、保険証まわりの実務は保険証・マイナ保険証の切替実務をご覧ください。

被扶養者と追加の検査：特定健診とオプション

扶養に入れた配偶者などの被扶養者（40〜74歳）は、協会けんぽの特定健診を補助つきで受けられます。協会けんぽの案内では、令和9年度から被扶養者も被保険者と同じ健診の対象に広げる予定とされています。本人向けには、次のような追加の検査もあります。

• 節目健診：40歳から5歳刻みの年齢で、一般健診より詳しい検査を5年に1度受けられる
• 乳がん・子宮頸がん検診：対象年齢の女性被保険者は一般健診に追加できる。子宮頸がん検診は単独で受ける枠もある
• 骨粗しょう症検診：令和8年度から加わった、対象年齢の女性向けの検査
• 肝炎ウイルス検査：一般健診とあわせて受けられる

家族を扶養に入れているかどうかで使える健診の枠組みが変わるので、扶養の設計とセットで考えると無駄がありません。

受け方の実務：案内→予約→受診の3ステップ

• ① 案内の確認：協会けんぽから健診の案内が事業所宛てに届く。届かなくても対象条件を満たせば受けられる
• ② 健診機関に直接予約：協会けんぽのサイトで契約健診機関を探し、自分で健診機関に予約する（「協会けんぽの健診で」と伝える）
• ③ 受診・支払い：当日はマイナ保険証や資格確認書で資格を確認し、窓口では補助後の自己負担額だけ支払う

インフルエンザなどの予防接種は対象外です。補助は年度1回なので、人間ドックにするか一般健診にするかは年度初めに決めておくとよいでしょう。年間の事務スケジュールに「毎年◯月に健診を予約」と書き込んでおくと、受け忘れを防げます。

健診機関を選ぶときは、自宅や仕事場からの近さに加えて、胃の検査をX線にするか内視鏡にするか、人間ドックのコースがあるかを確かめておくと迷いません。補助が使えるのは協会けんぽと契約している健診機関だけなので、予約の電話で「協会けんぽの補助が使えるか」を最初に聞くのが確実です。

受診のあとも大切です。結果で生活習慣の改善が必要とされると、特定保健指導の案内が届くことがあり、被保険者は無料で受けられます。再検査や治療に進む場合は通常の保険診療になり、健診の補助とは別の扱いです。結果の通知は毎年同じ場所に保管し、前の年と数字を比べられるようにしておきましょう。

健診費用は法人の経費になる？：役員のみ法人の注意点

一般論として、従業員の健康診断費用を会社が負担した場合は福利厚生費として扱われます。役員についても、全員を対象とする健診で費用が常識的な範囲なら福利厚生費として認められる余地があります。ただし、役員一人だけのマイクロ法人では、従業員全体への公平性という前提が働きにくく、役員個人への給与として課税されるべきという議論があり得ます。給与とされると法人側で損金にならず、個人側で源泉徴収漏れになる二重の痛手になりかねません。

自己負担は数千円なので、迷うなら個人で払うという選択は無難です。法人で払う場合は、健診費用の負担を定めた社内の規程を作り、全員を対象にする形を整えたうえで、税理士に確認してから処理してください。払い方ごとの帳簿の付け方は次のとおりです。

払い方	帳簿の付け方（例：5,500円）	注意点
法人が払う	福利厚生費 5,500円／普通預金 5,500円	健診費用の規程と領収書を保存。給与とされる余地は残る
個人のお金で払う	法人・個人事業どちらの帳簿にも載せない	生活の支出として扱う。個人事業の経費にもならない
医療費控除に入れたい	確定申告の医療費控除で検討	国税庁の案内では健診費用は原則として対象外。健診で重い病気が見つかり治療に進んだ場合は対象になる

どの払い方でも、領収書と結果の通知は一緒に保管しておくと、後から説明を求められたときに困りません。万一長く働けなくなった場合の傷病手当金は最低等級でも傷病手当金・出産手当金はもらえる？で解説しています。

次にやること：設立から初めての受診までの順番

健診を使えるのは、協会けんぽの被保険者になってからです。設立直後の手続きと健診を、次の順番で進めましょう。

順番	やること	期限・目安
①	年金事務所に新規適用届と被保険者資格取得届を出す	日本年金機構の案内では事実発生から5日以内
②	資格の情報が届いたら、マイナ保険証か資格確認書で受診できる状態にする	受診日より前に
③	一般健診か人間ドックかを決め、契約健診機関に予約する	年度内（4月〜翌3月）に1回
④	費用を個人で払うか法人で払うかを決め、法人なら規程と処理を税理士に確認	支払いの前に
⑤	結果を保管し、特定保健指導の案内が来たら受ける（被保険者は無料）	結果が届いたら

設立前の方は、手続きの全体を先に見ておくと順番を組み立てやすくなります。設立の書類づくりの手段は会社設立サービス比較で、設立後1年の手続きはマイクロ法人設立後の年間スケジュールで整理しています。

人間ドックとの関係：補助と自費の組み合わせ方

• 一般健診＋がん検診などの追加：協会けんぽの補助の枠内で検査範囲を広げる組み合わせ
• 一般健診＋自費の検査：脳ドックなど補助対象外の検査を、健診機関によっては同日に自費で追加できる
• 人間ドック健診：令和8年度から最大25,000円の補助つきで受けられる。総額と自己負担は健診機関ごとに違う

マイクロ法人の基礎から知りたい方はマイクロ法人とは？仕組みとメリットの解説もあわせてどうぞ。健診はスキームの損得計算には乗りにくい要素ですが、毎年の受診機会が仕組みとして戻ってくる価値は小さくありません。

よくある質問（FAQ）

Q. 役員報酬が月4.5万円の最低等級でも、生活習慣病予防健診を受けられますか？

A. 受けられます。条件は協会けんぽの被保険者であること（と年齢の条件）であり、報酬額や標準報酬月額の等級は関係ありません。最低等級の保険料でも健診の補助は同じように使えます。

Q. 設立してすぐ（加入初年度）でも受けられますか？

A. 資格を取得した後であれば年度内に受診できます。年度途中の加入だと協会けんぽからの案内に載っていないことがありますが、その場合も被保険者であれば対象です。不安な場合は、加入している協会けんぽの支部に確認してください。

Q. 35歳未満の社長は何を受ければいいですか？

A. 令和8年度からは、20歳・25歳・30歳の被保険者も、胃・大腸がん検査を除いた一般健診を補助つきで受けられるようになりました。それ以外の年齢は、自治体の健診や自費の健診を使うことになります。35歳になった年度からは一般健診の対象です。

Q. 二刀流の場合、国保の特定健診と両方受けられますか？

A. マイクロ法人で協会けんぽに加入すると国保からは抜けるため、国保の特定健診の対象ではなくなります。健診は加入している保険の制度を使うのが原則で、二刀流でも使うのは協会けんぽ側の健診です。

Q. 健診結果はどこに届きますか？会社に知られたくないのですが。

A. 結果は受診した本人（自宅または事業所経由）に届きます。マイクロ法人は自分＝会社なので、結果を見るのも自分だけです。会社員時代のように結果が人事に共有されることを気にしなくてよいのは、一人社長ならではです。

まとめ：健診はマイクロ法人の「隠れ福利厚生」

• 協会けんぽの被保険者なら、役員一人の社長でも年度1回、補助つきの健診を受けられる
• 令和8年度は、35〜74歳の一般健診が自己負担最高5,500円、人間ドックは補助最大25,000円
• 20歳・25歳・30歳の一般健診、40歳から5歳刻みの節目健診も加わった
• 被扶養者は特定健診の対象。令和9年度から対象を広げる予定と案内されている
• 費用の法人負担は給与課税の議論があるため、払う前に処理方法を税理士に確認する

個人事業主の健康は、誰も管理してくれません。マイクロ法人を作ったら、社会保険の切り替えと同じタイミングで「毎年◯月に健診予約」とカレンダーに入れてしまいましょう。数千円の自己負担で毎年の健康チェックが仕組み化できるのは、保険料の数字には表れないスキームの実利です。

※本記事は2026年10月時点の法令・運用を前提にしています。税制は改正されることがあり、個別の事情で結論が変わります。実際の申告・判断は、国税庁の案内や税理士などの専門家にご確認ください。